柯南和伙伴們?nèi)ッ佬g(shù)館時撿到了一張畫有奇怪符號的紙，大家自行成立少年偵探團(tuán)去調(diào)查這些暗號，按照符號的指示先到達(dá)東京塔，在周圍展開偵查卻一無所獲，休息的時候步美的新發(fā)現(xiàn)為柯南找到破解暗號的出口，大家一路尋找從東京鐵塔到南部水族館的標(biāo)記，然而，事情并非那樣順利，柯南能破解暗號嗎？暗中跟蹤少年偵探團(tuán)的黑衣人又是誰？

工藤新一與毛利蘭搭公車時，碰到色狼澤田治對小蘭毛手毛腳。小蘭馬上大喊色狼，而且還追澤田追下車。后來小蘭與新一分頭追人，好不容易才抓到澤田。正當(dāng)要將澤田扭送警局時，看到一名因為呼吸器停止而病情危急的老人宮野勝代被送到醫(yī)院，而刑警佐藤美和子等人則是懷疑這可能不是意外，而正在詢問勝代的看護(hù)山下誠...

身體變小后柯南轉(zhuǎn)入帝丹小學(xué)，并結(jié)識了步美、光彥和元太。某日，明星洋子來到毛利偵探事務(wù)所，說總感覺有人暗中監(jiān)視她，為了更進(jìn)一步了解真相，毛利一行人來到洋子住處，可開門后居然有具死尸橫在門口，期間柯南發(fā)現(xiàn)了另一名演員優(yōu)子的耳環(huán)并且還注意到洋子的經(jīng)紀(jì)人山岸神態(tài)怪異，洋子、山岸、優(yōu)子到底誰才是真正的兇手。

大家一起去滑雪的時候，小五郎弄丟了別墅的鑰匙，三人正愁沒地兒住的時候，醫(yī)科大學(xué)的大山教授認(rèn)出小五郎并邀請他們?nèi)プ约旱膭e墅，并正巧碰上了大山教授學(xué)子們的聚會，期間，中原驅(qū)車下山買下酒菜，趁這個機(jī)會大家也都各自活動，可中原回來后，卻發(fā)現(xiàn)大山教授被殺，柯南在現(xiàn)場根據(jù)教授留下的線索找到兇手。

柯南去體育俱樂部館參觀時，正巧看到水上運動的西條、成瀨和木島發(fā)生爭執(zhí)的一幕，而體育俱樂部負(fù)責(zé)人佐伯和跳水代表西條也存在著某些不愉快。當(dāng)晚，小五郎接到目暮警官的電話說西條死亡，因為沒找到什么有用的線索，警方準(zhǔn)備以意外死亡結(jié)案，可是柯南注意到這是件謀殺案，柯南找到目擊證人并從他的繪畫中看透事情的真相，兇手一定就是那個人。