柯南他們?cè)谝患倚麻_的飯店吃飯時(shí)，碰巧遇到了參加聯(lián)誼的高木和佐藤警官，然而，在聯(lián)誼進(jìn)行的同時(shí)，參加者江本彩的五歲表弟浩太被人綁架，根據(jù)彩和她弟弟將史的說法，警察將目標(biāo)鎖定在將史的三個(gè)朋友之中，可是，經(jīng)過一一調(diào)查卻并沒有發(fā)現(xiàn)有何異樣，難道犯人不在他們之中？

如果想要找到大寶石就必須先尋得與瓊曲玉 八咫鏡齊名的第三件神器——草雉劍，離開了骷髏遍地之所，一伙人來到了一處地下溫泉，元太無意中按中的按鈕讓溫泉向外流出，這時(shí)，眼前出現(xiàn)了一個(gè)洞穴，不出柯南所料，草雉劍就在這里，上面還刻有“龍”字，根據(jù)三件神器所刻的“永”“炎”“龍”，柯南推斷出了大寶石的所在，然而，取出寶石之后，卻發(fā)生了……

小五郎受狩谷伴子太太所托來到狩谷家?guī)退冶慌獊G的手機(jī)，隨后大家分別對(duì)可能拿走手機(jī)的大策、嗣貴和滋英進(jìn)行詢問，卻并未找到，反而在小五郎等人離開的時(shí)候，伴子找到了手機(jī)。本以為一切就此結(jié)束，誰也沒想到伴子當(dāng)晚就遭人殺害，警方對(duì)狩谷家的人一一進(jìn)行偵訊，卻發(fā)現(xiàn)每個(gè)人都有不在場證明，期間，家里的仆人提起了12年前所發(fā)生的事情……

根據(jù)死者筆記的記載，怪盜基德也很有可能混在這次尋寶活動(dòng)中，突然天降大雨，少年偵探隊(duì)進(jìn)入了大宅院內(nèi)機(jī)關(guān)重重的房子，元太認(rèn)為寶物一定就在房屋的最高層，便急著前往，不想剛踏上樓梯就踩中了機(jī)關(guān)，所幸被屋子里的一位尋寶獵人所救，之后柯南等人與他一起行動(dòng)，期間還碰到了另外兩位尋寶獵人，因?yàn)樵拇中模蠹业袈湮葑拥淖畹讓樱瑳]想到這里居然白骨遍地。

柯南和小蘭遇到了正在辦案的高木警官，對(duì)于命案異常敏感的柯南立刻就進(jìn)入了推理狀態(tài)，死者是工廠社長北村，他被人用刀刺向了胸口，警方很快就抓捕了嫌疑人南田，雖然案發(fā)當(dāng)天他來找過北村，但兇器上并沒有發(fā)現(xiàn)他的指紋，更奇怪的是，兇器刺入的角度不符合常理，即便如此，警方認(rèn)定他就是兇手，可是他到底采取了什么犯案手法？