某天，柯南發現有人正在搶劫運鈔車，雖然奮力追趕，但還是讓搶匪驅車逃跑，之后，警方發現搶匪的車并認定這是一起單純地搶劫事件。可事情并未就此結束，參與搶劫的兩名搶匪被殺，并在兇案現場發現了銀行職員廣田亞美的口紅，雖然亞美嫌疑最大但案件還有許多疑點，這時，柯南意識到她有危險，用發信器追蹤到達后亞美已死，而這件事的幕后黑手居然是……

某天，小說家任太朗的女兒香保里來到小五郎的事務所，拜托他找兩個月前留下紙條就突然失蹤的父母，可奇怪的是任太朗每個星期連載的小說卻會按時傳真到出版社，于是，柯南一行人趕到出版社，看到任太朗的原稿后，大家找到了幾點難以理解的部分，然而這些就是拯救任太朗的主要線索，柯南從小說中讀出了任太朗留下的消息，但歹徒的目的到底是什么？

柯南用自己的方式證實了義房身份并未偽造，經過院子的時候，廣美和有希子談起了15年前自己母親從這里落井死亡的事，突然，柯南看到了木門那邊有個可疑人影。當晚，大家輪流洗澡時，去外面加柴的廣美發出叫聲，她看到了可疑人影，并在古井發現了二媽真知子的尸體，而家里的汽車也莫名被停到了森林。這時，藪內家的律師趕來宣讀遺囑，期間，義房差點被人蓄意設計的十字弓殺死。

找到兇器成了破案的關鍵，小五郎發現抽屜里的冰鎬少了一根，加之對大家物品的檢查認定矢代就是兇手，可是柯南卻發現消失的冰鎬被用來固定植物了，繼而小五郎又認定上森的兒媳熏兇手，熏指出這里的每個人都有殺人動機并否定自己是兇手，到底誰是兇手呢？這時，柯南從目暮警官和小五郎的談話中得到啟示，找到兇器之后，沒錯，兇手就是那個人！

帝丹小學校慶這一天，少年偵探團拿著阿笠博士送給大家的電影折價券一起去看電影，大家爭執之后決定去看哥美拉的三部片子，沒想到今天是這家電影院最后一天營業，柯南等人成了最后一批觀眾，就在欣賞電影之際，熒幕上卻出現了一個黑影，原來這個黑影就是迫使電影院關門的張田的遺體，在警方要以自殺確定這件案子的時候，光彥卻說一句讓大家驚訝的話！