為了讓扭傷腳的柯南療養(yǎng)腳傷，大伙兒一起來到城崎溫泉，然而，小蘭卻突然失蹤，柯南從光彥他們所拍的照片上看到小蘭和一個(gè)小女孩在一起，同時(shí)照片上還出現(xiàn)了一個(gè)行蹤可疑的男人。這時(shí)，柯南他們遇到了服部，他受人委托前來找一個(gè)叫陽菜的女孩，而她正是和小蘭在一起的那個(gè)孩子。據(jù)陽菜的父親周平所說，在陽菜失蹤的同時(shí)他美術(shù)館里的展品彩虹之子也不翼而飛。就在大家四處進(jìn)行尋找時(shí)，陽菜和小蘭遇到了危險(xiǎn)。

看過澤南留下的死亡訊息后，柯南知道了兇手的真面目，但是在揭發(fā)真相之前必須要破解這兩個(gè)密室殺人的手法，于是，他獨(dú)自來到比良坂的死亡現(xiàn)場(chǎng)進(jìn)行調(diào)查，并在這個(gè)房間內(nèi)的花瓶上發(fā)現(xiàn)了海報(bào)碎片，這條關(guān)鍵的線索讓他恍然大悟，原來兇手制造密室所利用的工具竟是海報(bào)，為了說明真相，他拜托高木和千葉警官場(chǎng)景重現(xiàn)，當(dāng)然，兇手就是那個(gè)人！

日賣電視臺(tái)的特別節(jié)目《全國小島先生選手權(quán)大賽》即將開始，冠軍將會(huì)贏得一千萬元的獎(jiǎng)金和一幅價(jià)值不菲的水墨畫軸，幸運(yùn)的是元太的父親經(jīng)過層層篩選獲得了參加決賽的資格，然而，就在比賽開始之前，主辦者小島權(quán)作不知被誰推下了樓梯因而導(dǎo)致死亡，其中能夠使用這個(gè)樓梯的人就只有進(jìn)入決賽的三名小島先生，元太的父親也成為了嫌疑人之一，問題的關(guān)鍵是到底誰才是元太的爸爸？

資產(chǎn)家片寄王三郎在家中中毒身亡，而片寄留下了一封暗號(hào)信來提示自己的財(cái)產(chǎn)所在地。中北無意的話點(diǎn)醒了柯南，而就在這時(shí)犧牲者再一次出現(xiàn)！這次是野笛小姐被箭射中中毒身亡，而在附近的樹屋找到了弓，而愛好弓的荻人成了頭號(hào)嫌疑人但就在這時(shí)卻傳來荻人墜崖的消息。最終在柯南的推理下找出了犯人，而一場(chǎng)遺產(chǎn)爭奪戰(zhàn)也浮出水面。

大和警官和柯南等人立刻找到剩下的三個(gè)嫌疑人展開詢問，可是每個(gè)人都有不在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)的證明，與此同時(shí)，只身一人在公館思考赤壁之謎的高明遭到了兇手的襲擊，在失去意識(shí)之前他向大和傳了一條“孔明之死”的訊息，當(dāng)柯南他們趕到公館后這里已是熊熊大火，所幸上原由衣及時(shí)將高明救出，把他送到醫(yī)院的時(shí)候，小蘭對(duì)醫(yī)生們不同顏色的衣服表示好奇，而這個(gè)問題正好給了柯南和大和提示，讓他們破解了赤壁之謎！