阿笠博士帶著少年偵探隊(duì)來(lái)到岡山縣倉(cāng)敷市展開(kāi)了一場(chǎng)古代史之旅，他們?cè)谶@里結(jié)識(shí)了因同學(xué)會(huì)而重新聚在一起的五名男女，然而就在大家按照撿來(lái)的暗號(hào)進(jìn)行尋寶時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)那五人中的一人突然死亡，另外一個(gè)則被當(dāng)做重要關(guān)系人接受調(diào)查，根據(jù)少年偵探隊(duì)所找到的時(shí)光保存罐以及死者留下的死亡訊息，柯南斷定兇手就在剩下的四人中，但要抓住真兇，就必須要找到其他兩個(gè)時(shí)光保存罐。

在案件調(diào)查過(guò)程中小蘭對(duì)柯南的身份起疑，于是，她緊盯柯南的一舉一動(dòng)，就在她向新一的手機(jī)發(fā)送信息想要證實(shí)自己的想法時(shí)，狩谷家的門鈴再次響起，可門口卻沒(méi)有人，仆人說(shuō)這種惡作劇時(shí)常發(fā)生。之后，警方又對(duì)家中的三個(gè)嫌疑人進(jìn)行偵訊，并在柯南的引導(dǎo)下推理出了事情的真相，沒(méi)想到兇手竟然與12年前的案件有關(guān)聯(lián)。

警方在繩子和藥瓶上發(fā)現(xiàn)的指紋居然不是屋子里任何一個(gè)人的，那么就排除了他們犯案的可能，再休息之前柯南建議警察再次對(duì)他們每個(gè)人的怪癖進(jìn)行調(diào)查確認(rèn)，然而，卻并沒(méi)有發(fā)現(xiàn)有何異常，案件一度遭遇瓶頸，到底是忽略了哪里的線索？這時(shí)，小蘭無(wú)意中的一句話提醒了柯南，原來(lái)犯案的不止一人。

倫子在密室中上吊死了。群馬縣的山村警官認(rèn)為這是一起偽裝成自殺的密室殺人案而展開(kāi)了搜查，并向純，享，耀治等人詢問(wèn)情況。而三人案發(fā)時(shí)看起來(lái)也沒(méi)有什么異常。之后柯南留意到只有書架上的百科辭典沒(méi)有按卷數(shù)依次擺放的細(xì)節(jié)并找到了隱藏在書架里的密道并已毛利小五郎的省份給山村警官發(fā)送了提示短信最終將犯人抓獲。

中午，昏昏欲睡的柯南和小五郎被樓下的一聲巨響驚醒，趕到現(xiàn)場(chǎng)后發(fā)現(xiàn)一名駕駛摩托車的年輕人出車禍而死，他的旁邊散落著大量現(xiàn)金，柯南還發(fā)現(xiàn)了一封信和一盒裝有注射藥物的盒子，根據(jù)信的內(nèi)容推斷出這是為贖一個(gè)叫堂本的人而準(zhǔn)備的現(xiàn)金，警方順藤摸瓜到了堂本家，家人也都肯定了堂本被綁架的事實(shí)，柯南從女仆那里了解到堂本家的內(nèi)部關(guān)系后，認(rèn)定這并不是一起簡(jiǎn)單的綁架案。