在趕來支援的FBI的幫助下，柯南他們將獨自駕駛摩托的水無包圍，然而，馬路上卻出現(xiàn)了一個撿球的小男孩，為不傷害小孩，水無出車禍受傷。另一邊，今恩在水無換下的衣物里發(fā)現(xiàn)了粘在鞋底的發(fā)信器和竊聽器，便臨時決定變更目標向米花鎮(zhèn)駛?cè)ィ履喜煊X到他們的行動，意識到小五郎性命堪憂，也匆匆趕往米花鎮(zhèn)，而此時黑衣組織已經(jīng)瞄準了小五郎……

在這期間柯南還遇到了茱蒂老師，他將自己竊聽到黑衣組織計劃在IDP的地方殺一個叫DJ的人的事告訴了她，茱蒂說今天下午水無將采訪三個首次參加眾議院選舉的人，DJ一定就是其中之一，就在柯南焦頭爛額的推理IDP在哪里時，茱蒂一句話提醒了他，于是他讓博士驅(qū)車前往杯戶公園，此時，水無已經(jīng)開始了采訪，柯南和茱蒂火速趕往現(xiàn)場，他們能阻止暗殺事件的發(fā)生嗎？

在案件調(diào)查過程中小蘭對柯南的身份起疑，于是，她緊盯柯南的一舉一動，就在她向新一的手機發(fā)送信息想要證實自己的想法時，狩谷家的門鈴再次響起，可門口卻沒有人，仆人說這種惡作劇時常發(fā)生。之后，警方又對家中的三個嫌疑人進行偵訊，并在柯南的引導(dǎo)下推理出了事情的真相，沒想到兇手竟然與12年前的案件有關(guān)聯(lián)。

阿笠博士帶著少年偵探隊來到岡山縣倉敷市展開了一場古代史之旅，他們在這里結(jié)識了因同學(xué)會而重新聚在一起的五名男女，然而就在大家按照撿來的暗號進行尋寶時，卻發(fā)現(xiàn)那五人中的一人突然死亡，另外一個則被當(dāng)做重要關(guān)系人接受調(diào)查，根據(jù)少年偵探隊所找到的時光保存罐以及死者留下的死亡訊息，柯南斷定兇手就在剩下的四人中，但要抓住真兇，就必須要找到其他兩個時光保存罐。

柯南和小蘭遇到了正在辦案的高木警官，對于命案異常敏感的柯南立刻就進入了推理狀態(tài)，死者是工廠社長北村，他被人用刀刺向了胸口，警方很快就抓捕了嫌疑人南田，雖然案發(fā)當(dāng)天他來找過北村，但兇器上并沒有發(fā)現(xiàn)他的指紋，更奇怪的是，兇器刺入的角度不符合常理，即便如此，警方認定他就是兇手，可是他到底采取了什么犯案手法？