步美發(fā)現(xiàn)圖書館的書被人撕掉了一頁(yè)，氣憤的她決定找出“元兇”，根據(jù)借書卡的記載，柯南和步美找到了內(nèi)藤司，可他今天卻沒(méi)上課，與此同時(shí)，學(xué)校的巖石標(biāo)本也人被偷偷走，柯南認(rèn)為這可能是司所為，于是找到了他家，在查看了司的房間后，他們發(fā)現(xiàn)了一張寫有暗號(hào)的字條，少年偵探團(tuán)集結(jié)智慧，終于在大濱海灘找到了想要喚回逝去母親的司。

新一、小蘭和阿笠博士依照暗號(hào)的指示一路來(lái)到了米花辦事處，并在樓頂找到了最后一個(gè)暗號(hào)，這個(gè)寫有s→w的暗號(hào)到底是何含義？阿笠博士說(shuō)這或許代表方向，而此時(shí)出現(xiàn)在西南方的竟是泛紅的夕陽(yáng)，新一認(rèn)為這都是爸爸想讓自己看到落日才出的暗號(hào)。講完這個(gè)十年前的故事后，柯南突然發(fā)覺有哪里不對(duì)，便重新將這個(gè)事件重新梳理，驚奇發(fā)現(xiàn)這個(gè)謎題其實(shí)是……

柯南、少年偵探團(tuán)、哀、阿笠博士來(lái)到阿笠博士友人所在村莊觀光，在夜晚的溪邊等待放螢火蟲時(shí)，村長(zhǎng)的兒子中嶺和助手垂水乘坐運(yùn)送螢火蟲的貨車到達(dá)。垂水打開貨車上的箱子，螢火蟲便成群結(jié)隊(duì)的飛了出來(lái)。元太為了要抓螢火蟲，爬上了貨車，隨手拿走了貨車上的手電。在大家陶醉于欣賞螢火蟲時(shí)，助手垂水接到一通中嶺打來(lái)的電話，說(shuō)中嶺在烏帽巖，救命。柯南等人到達(dá)時(shí)，發(fā)現(xiàn)中嶺已經(jīng)死在車內(nèi)，地上放著疑似有毒的飲料瓶，車內(nèi)還飛著一只……螢火蟲。。。

死羅神和服部一唱一和，兩人一起揭穿了假新一的身份并且還將當(dāng)年村長(zhǎng)及其妻子遇害一案再次向大家說(shuō)明，而這個(gè)死羅神自然也就是工藤新一本人。案件結(jié)束后，新一的身體再次發(fā)生變化，幸虧灰原的及時(shí)趕到，新一才保住了秘密不被發(fā)現(xiàn)，在驅(qū)車回家的途中，一輛車很危險(xiǎn)的在馬路上行駛，當(dāng)大家努力將其攔下后卻發(fā)現(xiàn)開車的人已被人勒死。

服部平次vs工藤新一 滑雪場(chǎng)的推理對(duì)決(上集)2平次和柯南打電話的時(shí)候，講起了自己在初中時(shí)期遇到的一個(gè)未曾謀面的勁敵。當(dāng)時(shí)，平次和同學(xué)們一起來(lái)山里滑雪，不想遇見一起命案，而死者正是著名演員箕輪獎(jiǎng)兵，這起案件與四年前曾在這里發(fā)生過(guò)的命案極其相似，受害者都是死在纜車上并且身邊的背包里全是雪。在調(diào)查過(guò)程中，服部總會(huì)從別人口中聽到一個(gè)同樣參與破案的初中生，而這個(gè)人正是工藤新一，服部不由和這個(gè)“隱形”對(duì)手較起了勁。