某日，童星絹川和輝來到毛利偵探事務，委托小五郎根據(jù)他媽媽寄來的明信片找出她的所在，于是，柯南一行四人跑遍熱海的旅店進行詢問，最終找到了有這張明信片的旅店，店里除了三名女店員，還有一位叫下鴨的客人，當晚，小蘭去給下鴨送鏡頭蓋時，卻發(fā)現(xiàn)他被人勒死在浴室中，趕到案發(fā)現(xiàn)場的警察從下鴨當時拍攝的照片中發(fā)現(xiàn)，兇手是一個胸口有痣的女人，絹川得知后很難過，因為他母親的胸口就有一顆痣。

終于到了正式盜取“藍色奇跡”這一天，鈴木博物館附近被人圍的水泄不通，而且次郎吉也加派了更多的直升機，柯南在樓頂?shù)却鲁霈F(xiàn)的時候發(fā)現(xiàn)樓上有兩道新的刮痕，這時，基德如約而至，雖然突降大雨但這絲毫沒有造成任何影響，看著基德一步步接近寶石，次郎吉卻淡定的說自己早有防備，他到底有何計劃？基德能否成功盜取寶石并順利脫身？柯南又會有什么樣的行動？

之后，新一又對舞臺重新進行調(diào)查，并注意到了舞臺的活動機關(guān)，如果利用這個的話兇手及其犯案手法都不難推斷，他將事情的真相告訴有希子，由她揭穿兇手，然而，在兇手被警方帶走前卻說了一句讓小蘭很介意的話。案子結(jié)束后，小蘭不小心弄丟了莎朗送給她的手帕，沒想到兩人找手帕的時候遇到了……

此次幽靈恐慌的第二天，柯南他們下榻的民宅的主人—永倉先生被人襲擊了。永倉先生雖然沒有生命危險，但是犯人是誰卻不得而知。警察以重要參照人為理由帶走了從在進行地球遺產(chǎn)登陸委員會那里派來的缺德調(diào)查官川治，但柯南卻發(fā)覺這其中不自然的地方，最終少年偵探團的各位找到了真正的犯人并將找出了幽靈少女的真相。

在木山家具社長馬鳥宅留宿的柯南他們，在他自傲的石庭中部發(fā)現(xiàn)橫躺著的被絞殺的馬島社長。犯人恐怕在出席晚餐的4人中。但是，如何不留足跡將尸體運到庭院中部？此時小五郎說他已經(jīng)明白了，但實驗失敗，理論不成立。在調(diào)查了攝影展招待卷后柯南推理出犯人的正式身份和犯罪手法來。在不容質(zhì)疑的證據(jù)面前兇手最終坦白了罪行。