某日，童星絹川和輝來到毛利偵探事務(wù)，委托小五郎根據(jù)他媽媽寄來的明信片找出她的所在，于是，柯南一行四人跑遍熱海的旅店進(jìn)行詢問，最終找到了有這張明信片的旅店，店里除了三名女店員，還有一位叫下鴨的客人，當(dāng)晚，小蘭去給下鴨送鏡頭蓋時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)他被人勒死在浴室中，趕到案發(fā)現(xiàn)場的警察從下鴨當(dāng)時(shí)拍攝的照片中發(fā)現(xiàn)，兇手是一個(gè)胸口有痣的女人，絹川得知后很難過，因?yàn)樗赣H的胸口就有一顆痣。

柯南和阿笠博士從板倉的日記磁片中果然找到了他與黑暗組織接觸過的線索，這讓柯南興奮不已，于是兩人立馬趕往板倉的別墅，企圖找到板倉所開發(fā)的系統(tǒng)軟體和黑衣組織發(fā)來的郵件，然而，讓他們沒想到的是，郵件竟然有密碼，如果在一定時(shí)間內(nèi)沒有打開，郵件將自動(dòng)刪除，而這將引起黑衣組織的懷疑，這時(shí)，屋內(nèi)的電話響起，從另一邊傳來沃克質(zhì)疑的聲音，柯南和阿笠博士該如何應(yīng)對？

阿笠博士帶著柯南和哀拜訪了哀父親的兒時(shí)的玩伴出島。但就在這時(shí)出島卻被毒死！小哀擔(dān)心可能是暗黑組織發(fā)現(xiàn)了姐姐留下的東西而殺人滅口，但柯南予以否定并道出了兇手利用廁所的抽紙而實(shí)行的殺人計(jì)劃，而兇手正是設(shè)計(jì)所的設(shè)計(jì)員。案件解決后小哀終于拿到了姐姐留下的媽媽的遺物。另一方面黑衣人一伙似乎也有了新的行動(dòng)。

解決了橫濱中華街的命案之后，小蘭突然倒地不起，在發(fā)高燒的情況下想起過去碰到的命案。那是與新一去紐約時(shí)發(fā)生的事情，有希子帶他們兩人一起去看話劇，在劇場門口與明星莎朗匯合后，大家一起去參觀開演前的舞臺(tái)陳設(shè)，不想這時(shí)卻發(fā)生了意外，盔甲服裝從天花板上墜落，而其中一名女演員卻無法躲避，危機(jī)時(shí)刻，小蘭挺身而出。

元太、光彥、步美目擊殺人事件。3人看見犯人要乘坐輕型卡車逃走，便潛入卡車跟蹤并聽見挖掘洞穴及埋東西的聲音。次日，柯南與小五郎造訪卡車的所有方的倉田運(yùn)輸，開始調(diào)查。在調(diào)查之后眾人并沒有找到可疑的地方，之后柯南提議首先找到兇手隱藏尸體的地方，在不斷的尋找之后少年偵探團(tuán)的各位終于找到藏尸的地方而正在這時(shí)兇手出現(xiàn)，在眾人的齊心努力下，兇手終于被制服。