某日，一個叫上田丈二的醫(yī)師找到小五郎，拜托他調(diào)查自己的朋友吉村遭到不明人士恐嚇的事情，當(dāng)他們來到吉村所在的公寓剛準(zhǔn)備上樓時，突然聽到有東西墜落的聲音，柯南急忙跑去，卻發(fā)現(xiàn)吉村的尸體，目暮警官趕來之后，對吉村的公寓進行了仔細(xì)的調(diào)查，而柯南卻將注意轉(zhuǎn)移到了住在六樓的上田身上。

倒在浴室的薰被送到醫(yī)院。因為找不到殺害她時所使用的兇器而被認(rèn)為是外部人所為，柯南從寫著祝福話語的彩色信紙上發(fā)現(xiàn)是內(nèi)部人所為。在獨自調(diào)查現(xiàn)場的時候柯南注意到大家送上祝福的祝福版上的不自然并推理出了犯人和犯人的犯罪手法。柯南單獨面對犯人說出自己的推理，犯人在證據(jù)面前承認(rèn)了自己的罪行，因為愧疚之前便已經(jīng)決定自殺的犯人在柯南的救助下活了下來而熏也搶救成功渡過危險。

小五郎的事務(wù)所里來了一個叫春菜的大學(xué)生，委托小五郎找他的尋呼機朋友。春菜保存了秋悟先生的尋呼機和音樂盒，那以后，春菜的尋呼機上出現(xiàn)了奇怪的留言。小五郎一行找到秋悟的家人，卻發(fā)現(xiàn)秋悟在給春菜送出尋呼機之前就已經(jīng)死了，而走廊上還出現(xiàn)了奇怪的人影。接著眾人就發(fā)現(xiàn)已經(jīng)被擊暈的阿稔。

小蘭的母親妃英理為一起殺人事件的被告作辯護。擔(dān)當(dāng)公訴人的女士是把英理視為對手的九條玲子。宇佐美堅持殺人事件發(fā)生時什么都不記得了。英理等人到宇佐美前妻經(jīng)營的酒店去調(diào)查。小五郎說事件發(fā)生時宇佐美也在店里，但英里以醉酒為理由對此抱有懷疑的態(tài)度。而在柯南的分析下英里發(fā)現(xiàn)40分鐘的空白時間。最終小五郎是否會出庭作證呢？

柯南等人循著灰原留下的記號一路尋找，因為兇手就在同行的三名獵人之中，灰原和光彥就在大樹下面留下一些散落的蘑菇作為暗號，躲在叢林里期望柯南能有所行動制服兇手。柯南果然不負(fù)眾望，破解了灰原留下的暗號，正準(zhǔn)備麻醉兇手時，卻又有所猶豫，并大聲喊出了灰原和光彥，柯南到底有何用意？