柯南、少年偵探團(tuán)、哀、阿笠博士來(lái)到阿笠博士友人所在村莊觀光，在夜晚的溪邊等待放螢火蟲時(shí)，村長(zhǎng)的兒子中嶺和助手垂水乘坐運(yùn)送螢火蟲的貨車到達(dá)。垂水打開貨車上的箱子，螢火蟲便成群結(jié)隊(duì)的飛了出來(lái)。元太為了要抓螢火蟲，爬上了貨車，隨手拿走了貨車上的手電。在大家陶醉于欣賞螢火蟲時(shí)，助手垂水接到一通中嶺打來(lái)的電話，說(shuō)中嶺在烏帽巖，救命。柯南等人到達(dá)時(shí)，發(fā)現(xiàn)中嶺已經(jīng)死在車內(nèi)，地上放著疑似有毒的飲料瓶，車內(nèi)還飛著一只……螢火蟲。。。

當(dāng)晚，這名潛入醫(yī)院的黑暗組織同伙南田陸道果然展開了行動(dòng)，但同時(shí)FBI也暴露了行動(dòng)，南田陸道在驅(qū)車逃跑的過(guò)程中舉槍自盡，雖然柯南破壞了他的手機(jī)但他還是通過(guò)其他手段將搜集來(lái)的信息傳給了組織。既然事情發(fā)展到這種地步，轉(zhuǎn)院無(wú)疑就是在向黑暗組織昭示水無(wú)憐奈就在這里，所以只能另想對(duì)策。另一方面，英祐伺機(jī)潛入了水無(wú)憐奈的病房，并發(fā)現(xiàn)她早已從昏迷中蘇醒。

柯南，小哀，步美等人與阿笠博士一同去了SFMP4電影《星劍戰(zhàn)記Ⅵ》的試映會(huì)。開場(chǎng)前，排著隊(duì)的柯南等人結(jié)識(shí)了攝影師建井文吾。原來(lái)，建井是這部電影的忠實(shí)影迷，他和女友亞美就是在這部電影的試映會(huì)上相識(shí)的。而這時(shí)建井卻突然接到電話走開，他不自然的行為引起了柯南的注意，最終柯南讓俺們阻止了建井的復(fù)仇行為并解開了建井的心結(jié)。

警察分別對(duì)嫌疑人詠?zhàn)印⒕沾蜑|川進(jìn)行了偵訊，可是每個(gè)人都有不在場(chǎng)的證明，這時(shí)，英祐突然發(fā)現(xiàn)自己與母親的合照不見了，于是柯南，小蘭陪他一起去泳池那邊尋找，看著鍛吾的死亡地點(diǎn)，柯南腦中重現(xiàn)當(dāng)時(shí)的情景，他將所有的線索連成一線，真相浮出水面，隨后，他用老方法讓小五郎沉睡，并指揮高木重現(xiàn)兇手所使用的手法，沒(méi)錯(cuò)能這么做的只有那個(gè)人！

柯南他們很快就找到了被害者們常去的麻將館，并從老板那里得知，曾有一個(gè)叫鬼保獨(dú)郎的人與平棟堂次發(fā)生過(guò)沖突，抓到嫌疑犯后，高木警官便前去找曾聽到兇手聲音的鍋井永貴做指認(rèn)，沒(méi)想剛進(jìn)門就被人打昏。另一邊，柯南因?yàn)椴矫酪痪渫嫘υ挘蝗幌胪薢的含義并說(shuō)兇案早在十五年前就結(jié)束了，此次兇案的發(fā)生不過(guò)是模仿犯所為而兇手就在被害者的家屬之中。