"紀曉嵐邀請縣宮張萬節著便裝與自己外出吃飯。席間，不明真相的飯館老板在紀曉嵐的詢問下痛斥張萬節花錢買官、魚肉百姓。張萬節羞怒交加卻不好發作。送走紀曉嵐后張萬節下令逮捕飯館老板以報當日蒙羞之仇。紀曉嵐和小月返回飯館，告知老板真相，老板深感大禍臨頭。紀曉嵐讓其配合自己施計并保證其毫發無傷。面對前來抓捕老板的衙役，扮作乞丐的紀曉嵐大罵張萬節，被一同押走。張萬節正欲對二人用私刑，小月趕到，張萬節這才意識到自己中了計。紀曉嵐建議乾隆在江南開恩科選舉人才。小月跑到房梁上生悶氣，紀曉嵐只得也上房相勸，不想失足摔落。和珅前來探望，幸災樂禍地表示皇上準派自己為主考官，紀曉嵐后悔不迭。乾隆駕到，宣布小月為監督巡閱，以杜絕考場徊私舞弊。得到和珅指示的趙文龍賄賂考官左山傀安排考場作弊之事。左山傀想到自己清白一生卻毫無升遷機會深感不平，最終沒能經受住誘惑。

紀曉嵐義正詞嚴，歷數“監糧”案中上下官吏貪污、無恥的惡行，皇上萬分震驚。但鑒于牽扯人員太多，法不責眾，只將主犯王旦望正法，以震懾那些貪心亡命之徒。 貪官污吏被繩之以法，百姓歡呼雀躍，紀曉嵐不敢放松警惕，居安思危，某日，負責登記王旦望被抄沒家產的文書王斬柱，向紀曉嵐透露，王家贓物中不少貴重珍品已被私吞。 莫愁、小月閑來無事，拿和消遣，硬要他陪同逛街，三人信步來到一古玩店，竟有意外收獲，先后購得一枚蘇卿憐曾戴的頭飾和名畫《清明上河圖》。和明知這都是被官府沒收的贓物，命人告密，大內侍衛領兵查封了古玩店和當鋪，和又借機敲詐“監糧”案主審江南道御史陳輝祖。 從莫愁、小月的閑聊中，紀曉嵐得知贓物出處，陷入對這個“案中案”的沉思當中。 陳輝祖早就準備了一厚一薄兩本帳冊，應付府衙存檔，并決定將罪過推倒因害怕報復正逃之夭夭的王斬柱身上。

京城里彌漫著一種神秘香氣，由于來勢突然朝廷內外俱驚。乾隆命和珅迅速查明香氣源頭。一神秘女人，自稱知道香氣由來，原來紀曉嵐為了撰寫《四庫全書》而廣征天下藏書，好友顏驥踴躍獻書。和珅卻大興文字獄。乾隆在和珅的煽動下，將顏驥全家賜死。紀曉嵐無力回天，只有將顏驥生前收藏的西域煙草點燃，以此明志要為顏驥討回公道，也正是此獨特香氣使全城大亂。昔日神秘女子正是顏驥流落在民間的私生女顏如五。如玉認為一切都因紀曉嵐而起，決定替父報仇，紀曉嵐扮作戲子，在戲臺之上拿出乾隆賜予的金煙桿，表明要為顏驥翻案的決心。

紀曉嵐與和聯手派人護送御醫呂長安安在回京，這對多年來的冤家對頭即使在相互合作時也不忘反唇相譏，彼此嘲謔。 從呂長安之口，眾人才知四姑娘與十四王爺乃是藥方奇案的罪魁禍首，眼前紙包不住火，陰險毒辣的十四王爺決定丟卒保車，要四姑娘刺殺紀曉嵐后再自殺，以消滅罪跡，眼見自己忠心耿耿追隨的人竟如此冷酷無情，四姑娘徹底絕望，將一劑毒藥一飲而盡。 紫禁城內，皇上召見文武百官，和得意洋洋肆意表功，紀曉嵐巧設圈套，使和、福康安挪用貢品的不義之舉和此后協助自己調查藥方密案的合作之功一一道出，搞得二人一驚一乍。 十四王爺應召入宮見駕，藥方奇案終于到了真相大白的時候。

紀曉嵐以虛套實，誘騙燕城知府交待出他與欽差大臣福康安等共同侵吐賑災糧款的罪行，努力搜集各種證據。隨之而行的小月天真、率真，常常不假思索地流露出實情。幸虧紀曉嵐見機行事，巧妙周旋，才未露破綻。 莫愁陪皇上費勁周折終于找到了奶娘的故居，未料其家人俱已亡故。二人剛要離開，遭一群不明身份者追殺。萬分危急之際，被一雍容華貴的老婦人相救。在老婦人家的高欞上，皇上猛然發現了與那半片金鎖相吻合的圖案。難道自己的身世之謎馬上就可以云消月明、水落石出了嗎？皇上忐忑不安，扼腕嘆息之間，種種顧慮又上心頭。 福康安以護駕之名，趕至燕城，指證紀曉嵐假借和之名，二人對質，憑著一副所向披靡的鐵齒銅牙，紀曉嵐變被動為主動，化腐朽為神奇。弄得那些不明真相的燕城官員莫衷一是，氣得福康安七竅生煙。 和派人以所謂的“天地會”之名，假意擁戴十四王爺篡權奪位，實則包藏禍心，以嫁禍十四王爺而使皇上放棄對貪污案的關注，四姑娘覺察到其中盤根錯節的險情，將王爺救出。 皇上步入佛堂，手中半片金鎖與桌上的金鎖恰是一對，臉上一片難掩之情，恰在此時，身后射來一簇飛鏢。