柯南、少年偵探團(tuán)、哀、阿笠博士來到阿笠博士友人所在村莊觀光，在夜晚的溪邊等待放螢火蟲時(shí)，村長(zhǎng)的兒子中嶺和助手垂水乘坐運(yùn)送螢火蟲的貨車到達(dá)。垂水打開貨車上的箱子，螢火蟲便成群結(jié)隊(duì)的飛了出來。元太為了要抓螢火蟲，爬上了貨車，隨手拿走了貨車上的手電。在大家陶醉于欣賞螢火蟲時(shí)，助手垂水接到一通中嶺打來的電話，說中嶺在烏帽巖，救命。柯南等人到達(dá)時(shí)，發(fā)現(xiàn)中嶺已經(jīng)死在車內(nèi)，地上放著疑似有毒的飲料瓶，車內(nèi)還飛著一只……螢火蟲。。。

和葉的風(fēng)車給了服部提示，同時(shí)柯南也知道了房屋血跡和尸體消失的手法，在否定小五郎異想天開的推測(cè)后，服部說出了真相并且指出在背后操作的人正是住持傳久的師父，然而他這么做的目的到底是什么？了結(jié)了升岳寺案件后，小五郎連夜驅(qū)車返回住處，次日，服部要去參加日賣電視臺(tái)在一座無人島舉辦的高中生推理大賽，柯南也隨他一同前往，沒想竟然在這里遇見了白馬探！

服部打電話告訴柯南雖然沒有查到水無憐奈的過去，但是找到了關(guān)于神秘轉(zhuǎn)學(xué)生本堂英祐的事情，于是，柯南根據(jù)服部所提供的情報(bào)和阿笠博士、灰原來到了據(jù)說有英祐父親照片的模型店店長(zhǎng)的家中，可是，店長(zhǎng)卻發(fā)現(xiàn)柯南要找的照片突然不見了，并且根據(jù)房中所留下的痕跡來看，柯南斷言一定有人曾入侵過這個(gè)房間。

柯南在和阿笠博士，步美等人一起去酒店吃自助餐的時(shí)候，將事情的來龍去脈全部告訴了灰原，沒過一會(huì)兒，高木警官趕來辦案，柯南詢問后得知這家酒店里的一家藝人事務(wù)所社長(zhǎng)被人槍殺，在他的提醒下，警察抓到了三名有嫌疑作案的人，而其中一名竟然是FBI的搜查官卡梅隆，因?yàn)椴荒鼙┞渡矸荩运邮軅捎崟r(shí)支支吾吾的表現(xiàn)更顯可疑，于是，柯南打電話給茱蒂老師讓她前來解圍。

在去往餐館的路上，柯南和小五郎目睹了一起車禍，所幸受害者立松新三郎和小此木清隆都沒有生命危險(xiǎn)，本以為這是場(chǎng)單純的車禍，但有目擊者表示那輛肇事車并非偶然經(jīng)過，如此看來這是一起殺人未遂案件。隨后警察找來了小此木的外甥和她未婚妻一倉(cāng)分別進(jìn)行了偵訊卻并未發(fā)現(xiàn)異常，這時(shí)，“日本第一倒霉的男人”立松說歹徒的目的是置他于死地，事情的真相果真如立松所說嗎？