小五郎載柯南和小蘭去泡溫泉的時(shí)候，目暮警官突然打來(lái)電話，說(shuō)他們租來(lái)的這輛車(chē)子上被人安裝的炸彈而且時(shí)速必須保持在20公里以上，否則就會(huì)引起爆炸，面對(duì)這種突發(fā)狀況，小五郎只能繼續(xù)開(kāi)車(chē)等待警察前來(lái)救援，但是即使打破玻璃救走小蘭和柯南，卻依舊無(wú)法保證小五郎的安全，如何讓車(chē)子在保持時(shí)速的情況下停止？犯人到底與小五郎又有何恩怨？

柯南、少年偵探團(tuán)、哀、阿笠博士來(lái)到阿笠博士友人所在村莊觀光，在夜晚的溪邊等待放螢火蟲(chóng)時(shí)，村長(zhǎng)的兒子中嶺和助手垂水乘坐運(yùn)送螢火蟲(chóng)的貨車(chē)到達(dá)。垂水打開(kāi)貨車(chē)上的箱子，螢火蟲(chóng)便成群結(jié)隊(duì)的飛了出來(lái)。元太為了要抓螢火蟲(chóng)，爬上了貨車(chē)，隨手拿走了貨車(chē)上的手電。在大家陶醉于欣賞螢火蟲(chóng)時(shí)，助手垂水接到一通中嶺打來(lái)的電話，說(shuō)中嶺在烏帽巖，救命。柯南等人到達(dá)時(shí)，發(fā)現(xiàn)中嶺已經(jīng)死在車(chē)內(nèi)，地上放著疑似有毒的飲料瓶，車(chē)內(nèi)還飛著一只……螢火蟲(chóng)。。。

最近，都市里出現(xiàn)了一名專門(mén)襲擊長(zhǎng)發(fā)女子的榔頭男，警方根據(jù)目擊者的通報(bào)找到了榔頭男的住所并在周?chē)归_(kāi)了監(jiān)視，期間，有三個(gè)人陸續(xù)進(jìn)出過(guò)榔頭男的房間，他們分別是宅配快遞員、機(jī)車(chē)送貨員和披薩外送員，考慮到這可能是兇嫌所使用的調(diào)虎離山計(jì)，警方匆忙沖進(jìn)了他的房間，不想?yún)s發(fā)現(xiàn)一名疑似榔頭男的人倒在屋內(nèi)。

少年偵探團(tuán)和阿笠博士一起去露營(yíng)，沒(méi)想到不但迷了路就連車(chē)子也爆了胎，大家只好到深山里只住著一位老婆婆的房子借宿，隨后，又來(lái)了三個(gè)同樣因迷路而趕來(lái)過(guò)夜的三個(gè)年輕人。然而就在光彥半夜目擊到老婆婆磨刀后，三名男女中的大庭茜被人用利刃刺傷脖頸，失血過(guò)多而死，警方立刻介入調(diào)查，并在這件屋內(nèi)發(fā)現(xiàn)了多把刀具。

赤井秀一按照約定來(lái)到會(huì)面地點(diǎn)，水無(wú)憐奈也早已等候在那里，她拔槍直接射穿秀一的肺部，之后又按照今恩的指示朝他的頭開(kāi)槍，這時(shí)，巡邏警車(chē)趕來(lái)，水無(wú)憐奈在留下一枚炸彈后匆忙離開(kāi)。當(dāng)FBI得知消息后，爆炸的車(chē)內(nèi)只剩下一具燒焦的尸體，在不暴露秀一身份的情況下，茱蒂確認(rèn)了那具尸體確實(shí)是赤井秀一，雖然損失巨大，卻保住了水無(wú)憐奈。