沒過多久，綁匪就打來電話威脅柯南他們盡快找到寶藏，不然難?；以麄儼踩Ｈ嗣P(guān)天，柯南絞盡腦汁想要破解暗號(hào)，他發(fā)現(xiàn)萩市地圖與貓圖相吻合，而貓眼的地方就是線索的所在，于是，他們來到了円政寺，并在這里找到了日記中被撕掉的一頁(yè)，柯南將這些零散的圖片拼接成一條路線，大伙兒照此地圖找到了一個(gè)地下山洞，就在寶物將要到手之時(shí)，黑衣人綁匪出現(xiàn)……

妃英理找到企圖辭職的九條檢察官，并告訴她竹內(nèi)的死并非自殺而是經(jīng)過策劃的謀殺案件，得知此事九條檢察官?zèng)Q定和妃英理一起在法庭上將真相公之于眾。審判過程中，小五郎以辯方的特別證人出現(xiàn)，他不但說明了竹內(nèi)夫婦早已名存實(shí)亡的婚姻，還將五年前竹內(nèi)違法建筑案的內(nèi)幕也說了出來，然而最關(guān)鍵的竹內(nèi)死亡之謎還是由柯南道出真相！

小林老師在圖書館里發(fā)現(xiàn)了一個(gè)牛皮錢包，那里放了小學(xué)一年級(jí)時(shí)小蘭留的字條。事情追溯到十年前，為證實(shí)謠言的真假，小蘭和新一夜訪校園，不想?yún)s在學(xué)校圖書館遇到了一個(gè)自稱是新一弟弟的神秘男子，他向新一發(fā)出挑戰(zhàn)并在留下了一個(gè)裝有暗號(hào)的牛皮錢包后離開。于是，新一和小蘭二人就在阿笠博士的幫助下展開了解謎暗號(hào)的尋寶之旅！

園子的叔叔次郎吉因?yàn)樽ゲ坏交露肇瑝?mèng)纏身，于是，他再次策劃了基德抓捕計(jì)劃，這次他以寶石涼鞋“紫色指甲”為誘餌，并將展示臺(tái)設(shè)在基德不能使用滑翔翼的銀座正中央地面上，在粉絲們的期待下基德出現(xiàn)并成功拿到寶石，就在這時(shí)，四個(gè)路口被巨大的網(wǎng)子隔開，猶如籠中鳥的基德從容不迫，放出煙霧后瞬間移動(dòng)到了30公尺高的大樓，因?yàn)槠渲幸活w寶石是贗品，于是他宣布自己次日還會(huì)再來。

這天小五郎和柯南看到警車駛過，便和目暮警官一同趕往殺人現(xiàn)場(chǎng)。原來是公寓的某屋內(nèi)發(fā)現(xiàn)了小說家齊川村子的尸體。死因是頭部被物品打擊致死。發(fā)現(xiàn)尸體的是迷宮出版社的編輯遠(yuǎn)野舜一和公寓管理員村田啟三。遠(yuǎn)野說齊川之前收到了恐嚇的明信片。而在警方的調(diào)查下柯南最終發(fā)現(xiàn)了犯人的真面目。