柯南去看望同學(xué)片岡純，結(jié)果被人誤認(rèn)為是純而遭到綁架。很快，綁架犯吉澤正向純的父親片岡茂電話要求贖金3千萬(wàn)圓。并且指名交付贖金的必須是片岡的再婚的對(duì)方江崎幸子。吉澤在公園得到放有幸子送去的贖金的蜂蜜便當(dāng)，乘輕四輪車逃走。但是，在警察的追蹤中，車子突然消失在隧道里！

少年偵探隊(duì)為幫白鳥(niǎo)警官報(bào)仇，堅(jiān)持留下來(lái)和警察一起進(jìn)行破案，根據(jù)歹徒留下來(lái)的警告信，警方認(rèn)為炸彈就安在紅色的電車上，可是費(fèi)盡力氣找到的全都是用來(lái)混淆視聽(tīng)的假炸彈，如果找不到炸彈,住在東京區(qū)的1200萬(wàn)居民都將成為人質(zhì)，柯南再次仔細(xì)琢磨這封警告信，發(fā)現(xiàn)歹徒所指的地方就是東都塔，并且那里也已經(jīng)發(fā)生了一次小型爆炸。高木警官和柯南沖入東都塔，成功將困在電梯的女孩解救，但他們兩人就沒(méi)有那么幸運(yùn)了，柯南發(fā)現(xiàn)裝在炸彈上的水銀汞柱已經(jīng)啟動(dòng)！

終于到了正式盜取“藍(lán)色奇跡”這一天，鈴木博物館附近被人圍的水泄不通，而且次郎吉也加派了更多的直升機(jī)，柯南在樓頂?shù)却鲁霈F(xiàn)的時(shí)候發(fā)現(xiàn)樓上有兩道新的刮痕，這時(shí)，基德如約而至，雖然突降大雨但這絲毫沒(méi)有造成任何影響，看著基德一步步接近寶石，次郎吉卻淡定的說(shuō)自己早有防備，他到底有何計(jì)劃？基德能否成功盜取寶石并順利脫身？柯南又會(huì)有什么樣的行動(dòng)？

小蘭去找新娘香取茜草時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)休息室內(nèi)空無(wú)一人，于是柯南和小蘭等人分頭行動(dòng)。根據(jù)那張繡球花的照片，柯南在噴泉的雕像上找到了丟失的紅寶石戒指，可是茜草依舊不見(jiàn)蹤影，小蘭和園子在風(fēng)車木屋附近找到了茜草的一只高跟鞋，便斷定她一定是被人綁架了，這時(shí)，時(shí)鐘響起柯南聽(tīng)出了其中的怪異，便循著聲音找到了茜草，可茜草卻說(shuō)真正有危險(xiǎn)的是阿妙婆婆……

警方對(duì)鱒渕進(jìn)行偵訊，而當(dāng)時(shí)他卻并沒(méi)有不在場(chǎng)證明并且之前他曾與船木發(fā)生過(guò)爭(zhēng)吵，所以警方認(rèn)定他就是兇手。另一邊，少年偵探隊(duì)也展開(kāi)了調(diào)查，柯南注意到來(lái)往這里火車，認(rèn)為發(fā)現(xiàn)尸體的地方并不是案發(fā)的第一現(xiàn)場(chǎng)，于是大家順著軌道，找到了船木的照相機(jī)，并且從附近警衛(wèi)的口中得知鲇川也曾來(lái)過(guò)大橋，可是，如果兇手真的是她，那她殺害船木的動(dòng)機(jī)以及她的手法到底是什么？