小蘭在英語課上開小差后被老師朱蒂發(fā)現(xiàn)，看到了『×』的標(biāo)記，但卻不知其意。放學(xué)后，園子同朱蒂與柯南一起去咖啡店。突然大廈內(nèi)停電，咖啡店邊的電梯發(fā)現(xiàn)男性的尸體。是誰被殺了，而在死者隨身帶著的資料帶上有用血書寫的『○×△』又有什么意思？是被害者留下的暗示嗎，柯南發(fā)現(xiàn)死亡信息的不同之處，是否解開了死亡信息的謎題？

此次幽靈恐慌的第二天，柯南他們下榻的民宅的主人—永倉先生被人襲擊了。永倉先生雖然沒有生命危險，但是犯人是誰卻不得而知。警察以重要參照人為理由帶走了從在進(jìn)行地球遺產(chǎn)登陸委員會那里派來的缺德調(diào)查官川治，但柯南卻發(fā)覺這其中不自然的地方，最終少年偵探團(tuán)的各位找到了真正的犯人并將找出了幽靈少女的真相。

雖然他們四人都有不在場的證明，但警方和小五郎仍然對他們保持懷疑態(tài)度，并前去他們當(dāng)時所在的唐戶市場、唐戶棧橋和海響?zhàn)^逐一進(jìn)行確認(rèn)，就在小五郎自認(rèn)為推理出整個案件時，野島榮子卻跑去警局自首，她將自己殺人的過程和動機(jī)一五一十的坦白，隨后她的三位朋友趕到，為了友情他們又曾有何行動？真正殺死真尾的人真的是野島榮子嗎？

園子的大伯次郎吉因?yàn)楣直I基德曾經(jīng)搶了他大出風(fēng)頭的機(jī)會，而一直耿耿于懷，便不惜人力物力發(fā)誓抓住基德，他以“藍(lán)色奇跡”為誘餌高調(diào)的在報紙上向基德下戰(zhàn)書，不想基德居然回應(yīng)了他的挑戰(zhàn)，并說自己會走著去盜取“藍(lán)色奇跡”，在正式盜取之前，基德先前往博物館查看地形，面對層層包圍的警察和直升機(jī)，他就這樣突然懸浮在空中出現(xiàn)在眾人面前，不但如此，他還在沒有任何設(shè)備的狀況下，泰然自若的在空中漫步。

為調(diào)查鬼屋真相搜集更多的線索，柯南和小五郎一起對這棟公寓的其他三位住戶進(jìn)行詢問，四谷和番町的房間里都擺滿了各種恐怖碟片以及會發(fā)光的鬼怪塑像，而另一位叫牡丹的研究生則是名絕對的無神論者，調(diào)查期間，總有飛蛾圍繞在他們身邊，這讓柯南靈光一現(xiàn)，沒錯，這些恐怖現(xiàn)象確實(shí)是人為的，并且這還與四年前那具死在公園里的女性焦尸相關(guān)，而兇手就是他！