就在兇手企圖用球棒襲擊被騙到音樂室的小林老師時(shí)，他卻反過來被小林老師撂倒，這時(shí)，少年偵探團(tuán)和白鳥警官出現(xiàn)，原來小林老師早已被白鳥警官所保護(hù)而眼前這個(gè)人正是佐藤警官，期間，小林老師想起了以前在書店發(fā)生的事情，誤會(huì)消除的二人重歸于好。麒麟角是鈴木次郎吉在山中寺廟發(fā)現(xiàn)的寶物，而基德又以此為目標(biāo)出了預(yù)告函，次郎吉率領(lǐng)基德無法喬裝的少年偵探團(tuán)以及進(jìn)行直播的工作人員來到寺廟，麒麟像被藏在寺廟的立柱中間，想要拿取它并非易事……

在警方對(duì)三名嫌疑人進(jìn)行偵訊時(shí)，他們?nèi)朔炊嗷ブ肛?zé)并揭露對(duì)方的犯案動(dòng)機(jī)，這時(shí)，有人在更衣室內(nèi)發(fā)現(xiàn)了一個(gè)空瓶子，另外在湖面上還有漂浮的火柴棒，為了弄清真相，警方又找來工作人員進(jìn)行對(duì)峙，然而，他們卻表示并未發(fā)現(xiàn)異樣，期間，女主演深汐的一句話點(diǎn)醒了柯南，在他的引導(dǎo)下，大家得知一整夜都呆在溫泉里的人并不是兇手而是死者本人，那么，兇手到底是誰？在他的身上又有怎樣的關(guān)鍵性證據(jù)？

大家二次來到倉庫后發(fā)現(xiàn)了在門上方供奉著的神壇，而讓柯南更為好奇的是神壇對(duì)面的大算盤，這很可能是啟動(dòng)機(jī)關(guān)的鑰匙，仔細(xì)觀察倉庫之后，柯南發(fā)現(xiàn)了其中的蹊蹺，他叫來警察與他一起根據(jù)灰塵的多少撥動(dòng)算珠，果不其然，天花板漸漸向下移動(dòng)，警察不僅在這里找到了被盜的寶物還抓住了偷盜者，案件結(jié)束后，柯南揪出了那個(gè)一直暗中幫助元太他們的“軍師”，而這個(gè)人正是……

為了讓扭傷腳的柯南療養(yǎng)腳傷，大伙兒一起來到城崎溫泉，然而，小蘭卻突然失蹤，柯南從光彥他們所拍的照片上看到小蘭和一個(gè)小女孩在一起，同時(shí)照片上還出現(xiàn)了一個(gè)行蹤可疑的男人。這時(shí)，柯南他們遇到了服部，他受人委托前來找一個(gè)叫陽菜的女孩，而她正是和小蘭在一起的那個(gè)孩子。據(jù)陽菜的父親周平所說，在陽菜失蹤的同時(shí)他美術(shù)館里的展品彩虹之子也不翼而飛。就在大家四處進(jìn)行尋找時(shí)，陽菜和小蘭遇到了危險(xiǎn)。

這天作為地區(qū)體驗(yàn)采訪的嘉賓，小蘭和柯南來到了岡山。在參觀美術(shù)館的時(shí)候遇到失去記憶的奇怪女人，而在經(jīng)過檢查后發(fā)現(xiàn)身上還有扭打的痕跡。而趕來小五郎接受了調(diào)查她過去的委托。通過她畫的畫小蘭她們開始尋找她的記憶，而就在這時(shí)柯南發(fā)現(xiàn)她們被跟蹤了。在來到野崎家的大宅之時(shí)出現(xiàn)了認(rèn)識(shí)她的人而她的名字是吉瀨萬由美，找回名字的萬由美卻突然逃走了！