阿笠博士帶著柯南等人一起來到丸見碼頭釣魚，還在這里結(jié)識(shí)了釣客白根、金谷和江尻 ，之后，大家各自尋找釣魚的位置，唯獨(dú)江尻一人在防波塊上釣魚，經(jīng)過了漫長的等待，除了光彥釣上了一條竹莢魚，其余人均無所獲，就在大伙兒準(zhǔn)備離開時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)江尻中毒昏倒。

柯南在舊大社車站找到了可以證明江角案發(fā)時(shí)不在場的目擊證人，幫江角洗清嫌疑之后，福間也不在隱瞞而說出了事情的真相，其實(shí)在他到達(dá)現(xiàn)場的時(shí)候，鱷淵已經(jīng)死亡，在尸體身邊他發(fā)現(xiàn)了江角的項(xiàng)鏈，于是，就出現(xiàn)了兩人互相包庇的戲碼。既然鱷淵并非這對情侶所殺，那么兇手就在藤江和石飛之間，即使他們兩人都有不在場證明，真相也永遠(yuǎn)只有一個(gè)！

為調(diào)查真相，柯南又重返兩個(gè)案發(fā)現(xiàn)場，沒想到會(huì)有新的發(fā)現(xiàn)，他從鑒識(shí)人員那里得到了小提琴琴橋以及指揮棒的尖端，只要有這兩個(gè)東西，蓮希奶奶自殺的結(jié)論就可以被推翻，柯南依舊利用老方法把小五郎麻醉，將四名最有嫌疑的人叫道蓮希奶奶死時(shí)所在的房間，將兩年前以及今天所發(fā)生的慘案真相一一道出……

不忍看到和葉為解死亡訊息焦急流淚，于是，服部在與柯南的對話中有意的透露一些提示，所幸和葉一點(diǎn)就通明白了其中的奧秘。另一邊，警方叫來最先發(fā)現(xiàn)尸體的四人，并一一做了偵訊發(fā)現(xiàn)每個(gè)人都心懷鬼胎有殺人的動(dòng)機(jī)，而柯南和服部也沒有停止尋找真兇，就在二人找到新的線索時(shí)，和葉突然大呼自己知道誰是兇手。

少年偵探隊(duì)放學(xué)去游戲軟體公司詢問第二天新游戲發(fā)售的事情，沒想到元太因?yàn)橹毕肷蠋鴽_進(jìn)了董事長的辦公室，慌亂之中還拿走了新游戲的碟片，這讓董事長很是緊張，因?yàn)榈锸撬麣⑷说挠跋瘢履吓銮煽吹蕉麻L追元太等人的時(shí)候身上帶了手槍，意識(shí)到元太他們有危險(xiǎn)，便在董事長身上裝了竊聽器，他聽到董事長讓一個(gè)叫BEE的人追殺元太，這個(gè)BEE到底是誰？元太他們又能否成功脫險(xiǎn)？