小五郎骨折住院，某天夜晚他看到對面的房間有殺人的黑影，匆忙趕去后，卻發(fā)現(xiàn)屋里什么都沒有，接下來的幾天，發(fā)生了同樣的事情，主治醫(yī)師白井說可能是因為疲勞而產(chǎn)生的幻覺，但柯南卻認(rèn)為事件沒那么簡單，他陪夜的當(dāng)晚也看到了殺人場景，兩人一起跑出去，當(dāng)他趕到小五郎身邊時，卻發(fā)現(xiàn)小五郎已昏倒，旁邊還躺著已經(jīng)死去的江藤醫(yī)生，小五郎就這樣糊里糊涂的成了「殺人兇手」……

柯南和伙伴們?nèi)ッ佬g(shù)館時撿到了一張畫有奇怪符號的紙，大家自行成立少年偵探團去調(diào)查這些暗號，按照符號的指示先到達東京塔，在周圍展開偵查卻一無所獲，休息的時候步美的新發(fā)現(xiàn)為柯南找到破解暗號的出口，大家一路尋找從東京鐵塔到南部水族館的標(biāo)記，然而，事情并非那樣順利，柯南能破解暗號嗎？暗中跟蹤少年偵探團的黑衣人又是誰？

簱本家族的人聚在餐廳斷定兇手就是小武 ，就在長女麻理子擔(dān)心去廁所遲遲未歸的兒子一郎時，游輪突然停電，隨之而來的是一郎的慘叫，在黑暗中他被兇手刺傷了腿，小五郎在電源室發(fā)現(xiàn)這是有人蓄意的斷電，他立刻命所有人留在餐廳，自己和柯南，小蘭尋找線索，迷霧漸漸撥開，兇手真的是突然消失的小武嗎？

柯南離開時雖交代元太他們把追蹤眼鏡交給警方，但想要立功的偵探團卻私自行動，并利用眼鏡找到柯南的位置，正要打電話報警的時候被歹徒發(fā)現(xiàn)。眼看就能將TWO-MIX解救，柯南卻因元太等人的綁架，再度落入敵人手中，他戳穿歹徒想要練習(xí)帶的目的后，歹徒惱羞成怒點燃屋內(nèi)的汽油，柯南等人能否成功逃脫？

園子和小蘭被邀請去皆川家參加情人節(jié)派對，柯南悄悄尾隨卻被發(fā)現(xiàn)。皆川的母親熱情招待各位，但皆川卻是一副不耐煩的樣子，他拒絕了青梅竹馬關(guān)谷香的巧克力，又對直道和若松冷嘲熱諷，狀態(tài)不佳的他決定外出透氣，他的心儀對象好美也一起跟去，突然一聲尖叫，皆川倒在了草坪上，到底是誰在情人節(jié)制造了慘劇？