紀曉嵐欲將揭露云州貪案詳情的帳冊請皇上過目，不想被警惕性極高的小月發現。無奈之余，靠口技迷惑守衛，幫助皇上與一逃離了禁錮。 云州知府吳大人求見皇叔十四王爺及其愛妃四姑娘，大加挑唆利誘。此二人早有覬覦皇位之野心，此番得知皇上落難，不免蠢蠢欲動，欲借刀殺人，從而東山再起。 云州府衙被人縱火，莫愁誤以為關在府衙牢獄中的同黨黃克明遇害，大為悲痛，負氣要殺紀曉嵐報復。幸紀曉嵐有過目不忘之才能，允諾可將已被毀的帳冊毫厘不差地復寫出。恢復自由的皇上決心不惜任何代價解救出這位足智多謀的名士，雙方正欲交換人質時，黃克明卻被一支毒箭身中身亡。紀曉嵐再次倫為莫愁、小月等人的階下囚。朝夕相處中，他的橫絕于世的才華與嫉惡如仇的品格逐漸感染了兩位行俠仗義的女子。 和福康安陪同驚魂未定的皇上看戲解憂，十四王爺、四姑娘亦悄悄躲在角落，虎視眈眈，趁人不備，四姑娘回茶中投毒。

紀曉嵐與和聯手派人護送御醫呂長安安在回京，這對多年來的冤家對頭即使在相互合作時也不忘反唇相譏，彼此嘲謔。 從呂長安之口，眾人才知四姑娘與十四王爺乃是藥方奇案的罪魁禍首，眼前紙包不住火，陰險毒辣的十四王爺決定丟卒保車，要四姑娘刺殺紀曉嵐后再自殺，以消滅罪跡，眼見自己忠心耿耿追隨的人竟如此冷酷無情，四姑娘徹底絕望，將一劑毒藥一飲而盡。 紫禁城內，皇上召見文武百官，和得意洋洋肆意表功，紀曉嵐巧設圈套，使和、福康安挪用貢品的不義之舉和此后協助自己調查藥方密案的合作之功一一道出，搞得二人一驚一乍。 十四王爺應召入宮見駕，藥方奇案終于到了真相大白的時候。

紀曉嵐在眾信徒面前一一揭露了李二設下的騙局。眾信徒醒悟，李二只得低頭認罪。紀曉嵐將當初留在海升之妻身上的四指掐痕與任五的手印做對比，兩者吻合，乾隆意識到海升被陷害。紀曉嵐讓海升與小芳做臨別遺言，兩人真情流露，隔壁的乾隆終于了解了冤情。乾隆下令嚴懲真兇，并賜海升與小芳完婚。早朝之時，乾降于閑談之中指出朝廷里存在結黨營私、欺上瞞下的現象，百官皆心虛不已，噤若寒蟬。下朝后，和珅竭力表示自己一身清白，卻偏偏遇到了正在等候自己的同黨——浙江巡撫盧焯。

和珅擔心張了了會牽連自己，便想用乾隆之手殺其滅口。紀曉嵐說出張了了是受人指使的真相，乾隆堅持給張了了定罪，關鍵時刻，小月趕到并拿出乾隆的扳指替張了了求情，乾隆成人之美，讓其與柳哥相聚。父女得以團聚。乾隆責怪和珅、紀曉嵐此行辦事不力，押送兩人坐囚車回京，以示懲罰。途中，二人依然針鋒相對，樂此不疲。瑤琴意識到乾隆身為一國之君，并不能給予自己想要的平靜生活，于是拒絕與乾隆一同回京，表示要與父親歸隱山野，乾隆無限失落。回京后，乾隆罰和珅、紀曉嵐掃地，兩人邊掃邊唇槍舌劍。乾隆暗得意，自知只有正邪共存，兩者相斗，自己才能享受安寧。"

紀曉嵐夜讀時又接到被扔進窗子的紙條，上面寫有郭天的消息，紀曉嵐懷疑黑衣人正是張了了。紀曉嵐夜探郭天，得到通報的和珅與盧焯眼見沒有退路，只得慌忙扮成囚犯躺在隔壁囚房。乾隆看到瑤琴乘坐的馬車很是欣喜，不料落入盧安的圈套，也被一同押走。乾隆三人被關在洞中，外面重兵把守。乾隆佯裝自殺以騙過盧安，再見機救出瑤琴。紀曉嵐終于醒悟，誓要擺脫情感糾葛，全力調查國庫虧空一案。紀曉嵐扮作江湖郎中，偶遇掌管賬本的宋司庫，以自己掌握的情況博得宋司庫信任，并抓住其惶恐的心理，以消災為由取得真賬本。和珅模不透紀曉嵐葫蘆里賣的是什么藥，便決定先下手為強，命盧安將瑤琴押回杭州以要挾郭天認罪，卻沒料到乾隆在盧安即將動身時救出瑤琴。