少年偵探隊放學(xué)去游戲軟體公司詢問第二天新游戲發(fā)售的事情，沒想到元太因?yàn)橹毕肷蠋鴽_進(jìn)了董事長的辦公室，慌亂之中還拿走了新游戲的碟片，這讓董事長很是緊張，因?yàn)榈锸撬麣⑷说挠跋瘢履吓銮煽吹蕉麻L追元太等人的時候身上帶了手槍，意識到元太他們有危險，便在董事長身上裝了竊聽器，他聽到董事長讓一個叫BEE的人追殺元太，這個BEE到底是誰？元太他們又能否成功脫險？

在這期間柯南還遇到了茱蒂老師，他將自己竊聽到黑衣組織計劃在IDP的地方殺一個叫DJ的人的事告訴了她，茱蒂說今天下午水無將采訪三個首次參加眾議院選舉的人，DJ一定就是其中之一，就在柯南焦頭爛額的推理IDP在哪里時，茱蒂一句話提醒了他，于是他讓博士驅(qū)車前往杯戶公園，此時，水無已經(jīng)開始了采訪，柯南和茱蒂火速趕往現(xiàn)場，他們能阻止暗殺事件的發(fā)生嗎？

小五郎和柯南一起推斷這三個字的含義卻毫無頭緒，水無一句無意的話提醒了柯南，于是他打電話給警局確認(rèn)，不想事情真如他想的一樣，原來這是高木警官在這里執(zhí)行任務(wù)無聊時寫的，接下來就是門鈴之謎，翌日門鈴再次響起，不過這個按門鈴的人卻被柯南抓個正著，沒想到居然是……本以為一切都結(jié)束了，柯南卻從無意中粘在水無鞋上的竊聽器得知，她居然是黑衣組織的人。

放學(xué)后，大家一起去由香家看鸚鵡，可是屋子里竟然出現(xiàn)了一個陌生男子，他說自己是由香媽媽的同事，可以看出由香非常討厭這個男人，之后，她又發(fā)現(xiàn)自己鸚鵡和之前有所不同，元太等人認(rèn)為鸚鵡一定被這個男人調(diào)了包，便瞞著柯南在暗中展開了調(diào)查，沒想到事實(shí)真如他們料想一般，那么，他到底有何目的？由香又是否會有生命危險？

小五郎一直暗地里跟蹤的人見松一郎，突然在米花飯店墜樓身亡，出現(xiàn)在案發(fā)現(xiàn)場的還有一個叫南里熏的女人，但她卻十分肯定自己從不認(rèn)識死者。與此同時，他的雙胞胎弟弟人見竹彥，也在杯戶鎮(zhèn)的家中被人殺害，并且案發(fā)時他的妻子加奈子為了調(diào)和兄弟二人的關(guān)系，外出與松一郎會面。兄弟兩人在同一時間死在不同的地方，難道這真的是傳說中的心靈相通？