柯南和小蘭跟著小五郎來(lái)到關(guān)門(mén)海峽，還在這里認(rèn)識(shí)四個(gè)高中時(shí)代就是同學(xué)的年輕人，沒(méi)想到第二天，他們的另外一名高中同學(xué)真尾被人發(fā)現(xiàn)橫尸關(guān)門(mén)橋下，起初警方懷疑兇手就在與死者見(jiàn)過(guò)面的那四名同學(xué)中，然而他們都有不在場(chǎng)證明，偵訊過(guò)后四個(gè)人都擺脫了嫌疑，但柯南卻發(fā)現(xiàn)了破綻。

與黑色組織面對(duì)面 滿(mǎn)月之夜的兩起神秘事件(之三)卸掉偽裝后，工藤新一出現(xiàn)在滿(mǎn)月之下，在眾賓客吃驚之余，他也開(kāi)始了對(duì)整件案子的推理。他首先排除了木乃伊的嫌疑，并利用搜集來(lái)的線索一步步的將真兇以及他的手法公之于眾，沒(méi)錯(cuò)，兇手確實(shí)與小五郎一組，他就是……另一方面，看到灰原被茱蒂帶走，新出醫(yī)生便尾隨其后，車(chē)子一直開(kāi)到碼頭，茱蒂下車(chē)揭露出他的真實(shí)身份，而這個(gè)人就是寄信給柯南和小五郎同時(shí)也是她殺父仇人的蓓摩特。

柯南、小蘭、小五郎等到小天狗山遠(yuǎn)足，目擊了在山頂管理事務(wù)所工作的平井高也從山崖上掉下來(lái)。他們急忙到崖下去看時(shí)，平井已經(jīng)死亡。同事務(wù)所工作的近藤英一郎說(shuō)本來(lái)應(yīng)該是自己去的，為此泣不成聲，警方打算按照事故處理，柯南卻發(fā)現(xiàn)這不是突發(fā)事故而是一起殺人事件！而在調(diào)查之后柯南也發(fā)現(xiàn)了兇手的真實(shí)面目以及犯罪手法！

平次和合葉被惡毒的律師美里沙關(guān)了起來(lái)，并強(qiáng)迫服部來(lái)解開(kāi)楠川偵探留下的一句暗號(hào)。另一方面柯南雖然在掌握了平次他們的行蹤，但因?yàn)檎也坏街缓谜伊思绎埖瓿晕顼垺Ｍ蝗黄酱未蛄艘煌娫掃^(guò)來(lái)，要求幫忙解暗號(hào)密碼，但柯南發(fā)現(xiàn)了暗號(hào)密碼的異常。此時(shí)，服部也為美里沙解開(kāi)了暗號(hào)的謎題，而柯南也成功解除謎題并報(bào)警解救出平次和葉子。

終于到了正式盜取“藍(lán)色奇跡”這一天，鈴木博物館附近被人圍的水泄不通，而且次郎吉也加派了更多的直升機(jī)，柯南在樓頂?shù)却鲁霈F(xiàn)的時(shí)候發(fā)現(xiàn)樓上有兩道新的刮痕，這時(shí)，基德如約而至，雖然突降大雨但這絲毫沒(méi)有造成任何影響，看著基德一步步接近寶石，次郎吉卻淡定的說(shuō)自己早有防備，他到底有何計(jì)劃？基德能否成功盜取寶石并順利脫身？柯南又會(huì)有什么樣的行動(dòng)？