為了完成寫(xiě)生作業(yè)的少年偵探團(tuán)來(lái)到了米花市的郊外，在那里他們看到了草叢上的UFO，而這與一起殺人事件有著關(guān)聯(lián)。正當(dāng)柯南等人詢問(wèn)高木警官時(shí)UFO的主人小沼博士出現(xiàn)了，在調(diào)查研究所時(shí)發(fā)現(xiàn)了死者和自己要好的大哥萬(wàn)年先生都為大藏工作，小沼先生正好買(mǎi)了大藏的字畫(huà)，而身藏巨款的大藏臨死之前告訴死者和萬(wàn)年的訊息便是UFO。

寒假的這天柯南發(fā)燒了休息，而原本約定好的在步美家的紙牌游戲也沒(méi)有辦法參加。就在和步美通電話時(shí)忽然有個(gè)叫做正南的小男孩說(shuō)有陌生人闖進(jìn)家中敲開(kāi)了步美家的門(mén)，但之后他的父母便過(guò)來(lái)把他帶走了。看似小孩子的惡作劇但柯南卻發(fā)現(xiàn)其實(shí)他們不是真的父母，正南可能真的面臨危險(xiǎn)！于是少年偵探團(tuán)的各位來(lái)到正南的家里一探究竟。

柯南以工藤新一的身份聯(lián)系沢栗熏，并讓他拍照傳送這三位嫌疑犯的簽名書(shū)，期間，新一得知了沢栗熏的外號(hào)鶯鳥(niǎo)并推敲出了沢栗未紅取綽號(hào)的規(guī)則，根據(jù)死者生前在SNS留下的信息，新一知道了兇手是誰(shuí)，但他卻無(wú)法冒著犧牲兩條人命的風(fēng)險(xiǎn)揭露真相，所幸警方的狙擊手已經(jīng)就緒，然而，小蘭卻做出了讓人吃驚的舉動(dòng)……

少年偵探團(tuán)對(duì)于賈斯丁的事件還是非常在意，偷偷溜出來(lái)的他們和柯南一起展開(kāi)了調(diào)查，聰明的賈斯丁并沒(méi)有坐以待斃，顯眼的他四處留下關(guān)于自己的信息，而柯南根據(jù)這些信息終于找到了他。犯人終于被捕，但事件卻還沒(méi)有結(jié)束，熊紋公司的社員井上先生有著太多的疑點(diǎn)，柯南能感覺(jué)到這件事情還不止這么簡(jiǎn)單。

少年偵探團(tuán)在幫助真央尋找小狗的時(shí)候遇到了千葉和高木，偽裝成小五郎聲音的柯南從目暮警官哪里得知了發(fā)生的事件，中午左右的兩起爆炸事件的嫌犯已經(jīng)抓住，但裝有最后一枚炸彈的狐貍宅便車(chē)卻被毫不知情的劫犯搶走，而真央的小狗正是在這個(gè)被劫走的車(chē)?yán)铩榱朔乐挂馔庠俅伟l(fā)生，柯南帶領(lǐng)著少年偵探團(tuán)們一起尋找車(chē)子的下落。