少年偵探團(tuán)在幫助真央尋找小狗的時(shí)候遇到了千葉和高木，偽裝成小五郎聲音的柯南從目暮警官哪里得知了發(fā)生的事件，中午左右的兩起爆炸事件的嫌犯已經(jīng)抓住，但裝有最后一枚炸彈的狐貍宅便車卻被毫不知情的劫犯搶走，而真央的小狗正是在這個(gè)被劫走的車?yán)铩榱朔乐挂馔庠俅伟l(fā)生，柯南帶領(lǐng)著少年偵探團(tuán)們一起尋找車子的下落。

一封寄給服部平次奇怪的信件，里面有著一個(gè)月前殺害設(shè)計(jì)公司社長若松耕田先生的殺人兇手寄來的東西，和葉代替感冒的服部依照信上的指示和朋友一起拜訪了若松先生的大阪老家，在哪里他們看到了一個(gè)頭發(fā)很長令人毛骨悚然的人，而這個(gè)人在停電的時(shí)候卻消失的無影無蹤，更奇怪的是若松先生刻在瓷磚上的死亡訊息也跟著消失了。

洋房的主人傳了封群組訊息集合所有的兄弟姐妹，此時(shí)大家看到了浮現(xiàn)在窗邊驚悚模樣的主人，一起目擊了飛翔在天空中的怪物，隨后他們還發(fā)現(xiàn)了次男的尸體，案件愈發(fā)的破朔迷離。這起靈異的命案和之前洋房主人未婚妻的事故有著千絲萬縷的關(guān)系，而策劃那起事故的正是兄弟姐妹中的某人。

與這起密室殺人事件有關(guān)的三人都被問話，柯南對(duì)這起在自己身旁發(fā)生的殺人事件已經(jīng)有了眉目，但在波本面前他沒有辦法利用麻醉槍。無法讓小五郎沉睡的柯南只能將大家向案件的真相誘導(dǎo)，而在這場推理中解密的正是波本，案件雖然順利解決，但案件的背后又是一個(gè)悲傷的故事。

正在進(jìn)行的推理游戲卻變成了真正的殺人事件，在列車到達(dá)名古屋前柯南他們要在乘客中揪出真正的兇手來，在他們四處尋找線索的時(shí)候灰原卻忍受著內(nèi)心的煎熬。內(nèi)心忐忑不安的灰原正在受到組織的威脅，組織的黑影已經(jīng)更近一步接近灰原，她絕對(duì)不能以這種摸樣被人殺害。