柯南去體育俱樂部館參觀時，正巧看到水上運(yùn)動的西條、成瀨和木島發(fā)生爭執(zhí)的一幕，而體育俱樂部負(fù)責(zé)人佐伯和跳水代表西條也存在著某些不愉快。當(dāng)晚，小五郎接到目暮警官的電話說西條死亡，因?yàn)闆]找到什么有用的線索，警方準(zhǔn)備以意外死亡結(jié)案，可是柯南注意到這是件謀殺案，柯南找到目擊證人并從他的繪畫中看透事情的真相，兇手一定就是那個人。

女性實(shí)業(yè)家兒島郁子在家中被殺，死的時候她身著睡衣臉敷面膜，在這個案件中有三名嫌疑人，TM證券營業(yè)所的警衛(wèi)泉、死者的女兒千尋以及尸體發(fā)現(xiàn)者吉岡，他們都曾在死者生前與她見面，泉可以暫時排除嫌疑，因?yàn)榘赴l(fā)時他正好碰見小五郎，可千尋卻說他有殺人動機(jī)，三名嫌疑人陷入了互相揭露動機(jī)之中，「兇手的指針」在他們?nèi)伺腔玻烧嫦嘀挥幸粋€。

在酒店吃飯時，一個神色不安的人引起柯南的注意，柯南等人暗中跟蹤并進(jìn)一步詢問得知，此人名叫遠(yuǎn)藤，他的兒子被人綁架，為保兒子安全而沒有報警，小五郎決定幫他。次日，犯人打來電話要錢，遠(yuǎn)藤聽到了兒子說有螃蟹和鯨魚，這是找到犯人據(jù)點(diǎn)的唯一線索，小蘭、柯南和小五郎走街串巷的找有螃蟹和鯨魚的地方，柯南想起了漏掉的線索，順利找到有「螃蟹和鯨魚」的地方，將人質(zhì)解救。

小蘭的同學(xué)直子被綁架，當(dāng)歹徒發(fā)現(xiàn)有警察時，便放棄交易開車沖進(jìn)海里，直子再次下落不明，直子父親的秘書花井很是擔(dān)心。某日，小五郎突然接到不要在調(diào)查此事的要求，柯南察覺事有蹊蹺，暗暗潛入直子家后聽到了花井和直子爸爸的談話，原來直子的爸爸再次接到歹徒電話，但他卻不愿花五億保女兒的性命，這讓花井很生氣，柯南躲在后備箱里，跟著他們來到交易場所，見到了所謂的「歹徒」。

小五郎等人代替感冒的阿笠博士到伊豆參加推理之旅。活動規(guī)定，如果能夠找出推理之旅的主辦人就可以免費(fèi)住宿并可獲得一個包含某種病毒程序的磁盤。但是在旅途中不知什么人扮成暗夜公爵把柯南從欄桿上推了下去！之后柯南打電話詢問阿笠博士關(guān)于程序的事情得知了病毒的事情。晚餐后回房間時柯南和小蘭偶遇和明子發(fā)生口角的前田并被前田邀請卻觀看夜景。就在這時暗夜公爵卻墜樓生亡！