以幕末的長崎為舞臺，有坂本龍馬擔任的偵探而活躍的推理劇，正在負責寫腳本的編劇家耕作先生突然消失蹤影，只寫了一半的劇本則委托小五郎先生幫忙推理出劇中的真正犯人，調查了耕作房間的柯南等人發現了許多古董美術品竊盜團的簡報，這一切似乎都有著隱情。失蹤中的耕作先生利用郵件將后續的劇本傳送過來，在劇本中出現了奇怪的臺詞。

在宅急便送圣誕蛋糕到阿笠博士家前，柯南等人在公園踢球消化腸胃，途中為了追把保羅咖啡廳當做根據地的貓咪，他們不小心被關進了宅急便的配送冷藏車內。想辦法離開的他們看到了貨柜里的尸體，打算向外界求救時手機又恰好沒電，拿出手邊所有東西的他們準備想辦法向外界求助。

正在進行的推理游戲卻變成了真正的殺人事件，在列車到達名古屋前柯南他們要在乘客中揪出真正的兇手來，在他們四處尋找線索的時候灰原卻忍受著內心的煎熬。內心忐忑不安的灰原正在受到組織的威脅，組織的黑影已經更近一步接近灰原，她絕對不能以這種摸樣被人殺害。

柯南和小蘭跟著小五郎一起參加他的老朋友結婚前的慶祝會，在熱鬧的氣氛中新娘加門初音小姐前往美甲沙龍做指甲，但是沒想到兩小時后初音小姐留下了“永別了”這句話后隨著停車場的爆炸聲變成了一具尸體，從掉落在案發現場的假指甲上采集到的皮屑與新郎伴場的DNA幾乎完全吻合，而初音小姐雇來的偵探安室透也將事件的矛頭對準了伴場。

結束大致的案件詢問之后柯南一行人決定開車送圭小姐回家，卻發現圭小姐家中被安裝大量的竊聽器，在尋找竊聽器的安裝地點時竟然找到了一具男尸。另一方面跟著打算買東西的圭小姐而離開公寓的柯南被綁架，接到小蘭的電話后阿笠博士立即和灰原在昴先生的陪同下開始追蹤，而了解了事情始末的世良也前去和小蘭會面。