園子和小蘭被邀請去皆川家參加情人節(jié)派對，柯南悄悄尾隨卻被發(fā)現(xiàn)。皆川的母親熱情招待各位，但皆川卻是一副不耐煩的樣子，他拒絕了青梅竹馬關(guān)谷香的巧克力，又對直道和若松冷嘲熱諷，狀態(tài)不佳的他決定外出透氣，他的心儀對象好美也一起跟去，突然一聲尖叫，皆川倒在了草坪上，到底是誰在情人節(jié)制造了慘劇？

小五郎帶著小蘭等人去京都參朋友的婚禮，在新干線上柯南看見了兩名可疑黑衣男子，他利用阿笠博士送他的眼鏡竊聽到了不得了的事情——這輛新干線上有炸彈并且即將爆炸，眼看黑衣人離開新干線，柯南只能憑自己找到那只裝有炸彈的黑皮箱，鎖定了炸彈所在的車廂后，柯南對車廂里的四人進(jìn)行試探，卻毫無頭緒，關(guān)鍵時(shí)刻元太的一句話提醒了他。

某天小五郎偶遇了大木田社長并把自己的名片給了他。之后的晚上大木田突發(fā)心臟病身亡，而小五郎和小蘭，柯南為了配合調(diào)查也來到大木田的家里。在調(diào)查了現(xiàn)場之后柯南發(fā)現(xiàn)了大木田大量出汗的事實(shí)，而從現(xiàn)場外面的花和點(diǎn)心處發(fā)現(xiàn)了大木田死亡的真正的原因。之后柯南得知了社長和司機(jī)之間的矛盾后推理的方向也越加明確最終柯南以新一的身份告訴了暮目警官犯人的真實(shí)身份并抓獲了犯人。

兇手看似打破窗戶逃了出去，但柯南和服部發(fā)現(xiàn)兇手就在屋內(nèi)，并且否定了兇手是老板的猜測，而剛才的停電也是人為的。期間，服部一直很在意柯南的種種反應(yīng)，對柯南產(chǎn)生了懷疑。事件漸漸明晰，服部和柯南知曉了兇手是誰以及他殺死老板和綾子的手法。為了保護(hù)自己是工藤的秘密，柯南將服部麻醉說出真相，可讓他沒想到的是，就是這個(gè)舉動讓服部肯定了柯南就是工藤。

看到防盜鎖上膠帶的痕跡，又通過試驗(yàn)證實(shí)自己的推測，柯南輕松破解密室難題。在調(diào)查過程中，柯南在銅像附近找到了自己掉落的鋼筆，他注意到酒店下的風(fēng)，詢問得知這叫「公主風(fēng)」，將「公主風(fēng)」和其他七位旅客的房間位置結(jié)合，柯南斷定兇手就是那個(gè)人，這時(shí)，小蘭急匆匆跑來說找到可以洗清前田嫌疑的證據(jù)，柯南利用小五郎展開了一場精彩的推理和實(shí)驗(yàn)。