在甲板船頭的尸體不是別人，正是讓大家誤認(rèn)為已經(jīng)死亡的蟹江，之后，柯南又在船的外圍發(fā)現(xiàn)繩索梯子，這說(shuō)明蟹江一直藏身于此伺機(jī)而動(dòng)，并且柯南還在船頭欄桿上發(fā)現(xiàn)了剝落的油漆和燒焦的痕跡，將所有的線索串聯(lián)起來(lái)，兇手漸漸浮出水面，這時(shí)，柯南接到一通電話，原本很擔(dān)心平次的他卻突然對(duì)小蘭調(diào)侃起了服部，服部是否真的平安？這件與二十年前案件相關(guān)的兇案真相到底是什么？

在吞口重彥被殺的瞬間柯南撿到了一條紫色的手帕，之后又發(fā)現(xiàn)了一個(gè)破碎的美術(shù)燈吊環(huán)，根據(jù)這兩條線索柯南展開(kāi)了調(diào)查，可沒(méi)想到調(diào)查期間灰原卻被不明人士帶走，柯南以眼鏡為媒介聯(lián)系到灰原，得知她被關(guān)在了飯店內(nèi)的一個(gè)酒窖里，柯南讓灰原喝下老白干，這時(shí)，在飯店外面的柯南卻看到了金恩，而在酒窖的灰原身體也正在發(fā)生變化。

步美生病一人在家休息，就連有電話打進(jìn)來(lái)她也因熟睡也沒(méi)有接聽(tīng)，但過(guò)了一會(huì)兒，步美聽(tīng)到有人撬門(mén)的聲音，不禁想起了前些日子歹徒入室殺人的事情，可她還沒(méi)來(lái)得及報(bào)警，歹徒就破門(mén)而入了，她慌忙躲在床下，用少年偵探的徽章聯(lián)系柯南，因?yàn)椴荒苷f(shuō)話她就用假面超人鬧鐘聲音代替自己傳達(dá)求救訊息，可元太光彥確認(rèn)為步美在惡作劇，柯南會(huì)棄之不理還是解開(kāi)暗號(hào)呢？步美又會(huì)展開(kāi)怎樣的自救？

就在警察找不到任何線索想要以自殺結(jié)案時(shí)，柯南把在案發(fā)第一現(xiàn)場(chǎng)找到的領(lǐng)帶別針交給警方，這就推翻了自殺的說(shuō)法，但想要抓到兇手，還需要找到更加有決定性的證據(jù)。這時(shí)，柯南注意到了在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)發(fā)現(xiàn)的繩子，他突然想到什么，就跑到旁邊的枯井，一切不出他所料，兇手就是那個(gè)人，他再次將小五郎麻醉，揭秘流傳至今的五重塔傳說(shuō)以及兇手！

小五郎被山崎社長(zhǎng)邀請(qǐng)去拍攝宣傳廣告。在吃飯的時(shí)候聽(tīng)到玻璃破碎的聲音，跑過(guò)去看的時(shí)候發(fā)現(xiàn)山崎社長(zhǎng)從窗戶里掉出來(lái)摔到懸崖下死，而房間竟然是密室狀態(tài)！調(diào)查后發(fā)現(xiàn)死因是因被大量蜜蜂追趕而不慎掉入山谷，但柯南在調(diào)查現(xiàn)場(chǎng)之后發(fā)現(xiàn)事實(shí)并非如此，黏在門(mén)把手上的奇怪東西最終讓柯南發(fā)現(xiàn)了兇手的身份和犯罪手法。