一群人為長門會(huì)長慶祝生日的時(shí)候，他的女婿光明不知被何人襲擊發(fā)出慘叫，此時(shí)大家在樓下的陽臺上看到長子秀臣口中含刀，當(dāng)大家趕到時(shí)，光明已被推到鐵欄桿外面氣斷身亡，案發(fā)之后的第二天，警方在池塘底部發(fā)現(xiàn)秀臣，看似自殺的尸體留下一封遺書，而且他違背常理的衣服，透露出秀臣是在案發(fā)前就被人毒害投入池塘中。

在酒店吃飯時(shí)，一個(gè)神色不安的人引起柯南的注意，柯南等人暗中跟蹤并進(jìn)一步詢問得知，此人名叫遠(yuǎn)藤，他的兒子被人綁架，為保兒子安全而沒有報(bào)警，小五郎決定幫他。次日，犯人打來電話要錢，遠(yuǎn)藤聽到了兒子說有螃蟹和鯨魚，這是找到犯人據(jù)點(diǎn)的唯一線索，小蘭、柯南和小五郎走街串巷的找有螃蟹和鯨魚的地方，柯南想起了漏掉的線索，順利找到有「螃蟹和鯨魚」的地方，將人質(zhì)解救。

小五郎帶著小蘭等人去京都參朋友的婚禮，在新干線上柯南看見了兩名可疑黑衣男子，他利用阿笠博士送他的眼鏡竊聽到了不得了的事情——這輛新干線上有炸彈并且即將爆炸，眼看黑衣人離開新干線，柯南只能憑自己找到那只裝有炸彈的黑皮箱，鎖定了炸彈所在的車廂后，柯南對車廂里的四人進(jìn)行試探，卻毫無頭緒，關(guān)鍵時(shí)刻元太的一句話提醒了他。

柯南、小蘭和小五郎參加了福爾摩斯旅行團(tuán)，但此次旅行的主辦人旅店的老板金谷，被人鎖在車?yán)锿葡律窖逻€引發(fā)的爆炸，而被孤立無法與外界聯(lián)系的旅客，因?yàn)椴幌Ｍ俪霈F(xiàn)死者，都集合在旅店房間里，說自己已經(jīng)知道兇手是誰的綾子，在車庫里爆炸身亡，就在大家討論誰是兇手時(shí)，突然停電，藤澤被某人用碎冰錐刺傷。

關(guān)西的名高中生偵探服部平次，為了合氣道比賽而來到帝丹高中。工藤新一與平次雖然沒見過彼此，在心里卻把對方當(dāng)成對手，可是表面上又裝出完全不在乎對方的樣子。後來平次在去帝丹高中的路上碰到搶匪，與毛利蘭一起在回家途中的新一，也一起幫忙追搶匪。後來是靠新一踢足球擊中搶匪，不過也同時(shí)打破一間民宅的玻璃，而里面還傳出女人的凄厲尖叫聲...