小五郎帶著小蘭等人去京都參朋友的婚禮，在新干線上柯南看見了兩名可疑黑衣男子，他利用阿笠博士送他的眼鏡竊聽到了不得了的事情——這輛新干線上有炸彈并且即將爆炸，眼看黑衣人離開新干線，柯南只能憑自己找到那只裝有炸彈的黑皮箱，鎖定了炸彈所在的車廂后，柯南對(duì)車廂里的四人進(jìn)行試探，卻毫無(wú)頭緒，關(guān)鍵時(shí)刻元太的一句話提醒了他。

柯南小蘭等人在修好高中看棒球賽時(shí)，理事長(zhǎng)室的優(yōu)勝錦旗被人割破，就在大家議論誰(shuí)是犯人時(shí)，棒球隊(duì)主投小偉自首說(shuō)這件事是自己做的，而他的母親卻說(shuō)是她做的，柯南認(rèn)為事情不會(huì)那么簡(jiǎn)單，便和園子偷偷溜到理事長(zhǎng)室，仔細(xì)觀察了錦旗后，他知道了犯人是誰(shuí)，并利用變聲領(lǐng)結(jié)將大家叫到理事長(zhǎng)室揭露了兇手。

委托人為表示感謝，招待小五郎三人溫泉旅行，他們?cè)诖畛藴娇h的列車上，遇到了兩名爭(zhēng)吵的醫(yī)生佐藤、伊達(dá)，期間伊達(dá)曾生氣離開。換乘休息的途中，警察在與湯之山線列車路線基本相同的花之街線列車上發(fā)現(xiàn)尸體，柯南洞察到伊達(dá)神情怪異有犯罪嫌疑，可他是怎么樣在兩趟不一樣的列車上游走殺人的？

小川醫(yī)生這兩年來(lái)不斷收到未署名的錢和玩具，實(shí)在是不知道來(lái)歷，于是前往毛利偵探事務(wù)所求助。在柯南的提示下小五郎推理出玩具其實(shí)是中古品，而小蘭也因此開始懷疑起柯南的身份。在前往小川醫(yī)生工作的醫(yī)院調(diào)查過(guò)程中看到柯南翻閱病例的小蘭對(duì)柯南的懷疑也進(jìn)一步加深。最終柯南在千鈞一發(fā)之際成功解救了小川醫(yī)生的孩子。而柯南也成功化解了小蘭的懷疑。

就在小五郎因跟蹤一個(gè)男人三天而大賺一筆高興時(shí)，電視上播報(bào)出一個(gè)名叫根岸的人在紅鬼村火祭被燒焦的消息，誰(shuí)想此人正是小五郎跟蹤了三天的人，而嫌疑最大的就是繼承了根岸五億財(cái)產(chǎn)的阿部豐，可根岸被殺的時(shí)候，阿部豐在外旅行，因此他有充分的不在場(chǎng)證明，可這些沒(méi)能瞞過(guò)柯南的眼睛，他還是解開了阿部豐的「不在場(chǎng)證明」。