藤枝干雄收到暗殺的威脅，為了阻止暗殺找來(lái)了小五郎，而委托的酬勞竟然是1千萬(wàn)日元！但在事件解決之前小五郎居然用掉了五百萬(wàn)日元，之后因?yàn)闊o(wú)力阻止暗殺，最終分居中的妻子妃英理代替他去了委托人那里。而同時(shí)到達(dá)那里的還有柯南的母親工藤有希子！而此時(shí)通過(guò)監(jiān)視器眾人發(fā)現(xiàn)獨(dú)自在房間里的藤枝竟然倒地不起！沖過(guò)去之后發(fā)現(xiàn)藤枝干雄已經(jīng)死亡。

柯南去看望同學(xué)片岡純，結(jié)果被人誤認(rèn)為是純而遭到綁架。很快，綁架犯吉澤正向純的父親片岡茂電話要求贖金3千萬(wàn)圓。并且指名交付贖金的必須是片岡的再婚的對(duì)方江崎幸子。吉澤在公園得到放有幸子送去的贖金的蜂蜜便當(dāng)，乘輕四輪車逃走。但是，在警察的追蹤中，車子突然消失在隧道里！

無(wú)法渡海，大家只能暫時(shí)待在鎮(zhèn)長(zhǎng)家的廢棄別墅里，然而干坐在這里等救援還不如對(duì)這棟房子進(jìn)行一番調(diào)查，于是 ，大家就分組行動(dòng)，柯南和服部等人在一樓的房間里發(fā)現(xiàn)了鎮(zhèn)長(zhǎng)和他女兒的照片以及房梁上一些莫名其妙的文字，突然間，二樓傳來(lái)慘叫，久米不知為何在看到鎮(zhèn)長(zhǎng)女兒的肖像油畫后就變的很反常，這時(shí)，救援船趕來(lái)，可船上卻只有一具船長(zhǎng)的尸體和一行字句，事情變得越來(lái)越奇怪了。

某個(gè)星期日，柯南和小五郎在樓下喝咖啡的時(shí)候，從店員阿紫那里聽(tīng)到了一件奇怪的事情，一位客人用完餐之后將手機(jī)落在了店里，期間，阿紫曾接到過(guò)三通電話，最奇怪的就是最后一次，柯南和小五郎查看手機(jī)，發(fā)現(xiàn)這里面所存的號(hào)碼和名字全部都是虛假的，就在二人毫無(wú)頭緒的時(shí)候，由美拿著這家店的發(fā)票找到這里，而這些發(fā)票的持有者正是手機(jī)的主人，由美說(shuō)這個(gè)人已經(jīng)出車禍死亡，為了調(diào)查事情的真相，柯南建議給電訊公司打電話查詢。

參加網(wǎng)球比賽的柯南他們來(lái)到熊本縣。市內(nèi)觀光的途中，園子撿到一部手機(jī)。手機(jī)的畫面上是“想要遇見(jiàn)那個(gè)孩子”的短信。園子與小蘭得到與園子同名女子的戀人的幫助，帶著手機(jī)出現(xiàn)在咖啡店。小蘭無(wú)意中聽(tīng)到兩人的危險(xiǎn)談話被綁架，而在小蘭打來(lái)的電話中柯南他們開(kāi)始進(jìn)行調(diào)查決心已定要組織這場(chǎng)謀殺！