在從伊豆回來(lái)的路上，因?yàn)樾∥謇傻能囎映隽斯收希履系热私枳URON健康器具公司的山莊。而此時(shí)，山莊里的3人正在新制品藥物社內(nèi)研究的關(guān)鍵時(shí)刻。第三開發(fā)部部長(zhǎng)平松正樹的制品馬上就要被采用了，然而社長(zhǎng)梅谷四郎被刀刺傷，并平松也遭遇車禍身亡。看似事故的現(xiàn)場(chǎng)柯南卻有著不一樣的看法。

步美有個(gè)朋友答應(yīng)送給她豪華的七段裝飾人偶，因此步美約柯南等人來(lái)到此人家中。正巧同幢公寓里住的津曲水貴與古董鑒定師三重芳春也來(lái)到這戶人家，希望主人能轉(zhuǎn)讓一幅價(jià)值數(shù)千萬(wàn)的壁畫。女主人觀野節(jié)子和繼母彌生拒絕了2人的請(qǐng)求，但就在主人外出后，那幅壁畫失竊了。在警方的調(diào)查下少年偵探團(tuán)的各位發(fā)現(xiàn)了現(xiàn)場(chǎng)的些許的不自然的地方!

帝丹高中最近發(fā)生了不可思議的靈異事件，小蘭本想拜托小五郎調(diào)查卻被拒絕，所以由柯南出馬破解校園靈異事件之謎。期間，小蘭他們還遇到新出醫(yī)生，于是一行人在園子的帶領(lǐng)下首先來(lái)到了體育館，這里曾莫名的出現(xiàn)了兩年前就已死去的保坂的書桌，接著又來(lái)到了詭異的圖書館和導(dǎo)致保坂死去的樓梯，經(jīng)過(guò)一圈查看，柯南已大致明白，就在這時(shí)，操場(chǎng)中間突然出現(xiàn)了保坂的書桌……

正當(dāng)小蘭她們陷入困境的時(shí)候新一卻打來(lái)了電話，小蘭在電話里說(shuō)明了現(xiàn)場(chǎng)的情況并指出有三個(gè)奇怪的客人借用過(guò)便利店的廁所。但是，貨物不見(jiàn)的那天，按規(guī)定只有七川值班。在新一的引導(dǎo)下小蘭確定了犯人的身份，并按照新一的提示找出了犯人。而店長(zhǎng)以償還偷盜物品為由留下了陷入困境的犯人。七川也洗清了嫌疑。

少年偵探隊(duì)這次在阿笠博士的帶領(lǐng)下欣賞精神隊(duì)的游行隊(duì)伍，沒(méi)想到巧遇便衣執(zhí)行任務(wù)的佐藤警官，因?yàn)榫d收到一封反精神隊(duì)球迷的警告?zhèn)髡妫A(yù)言這場(chǎng)游行將有意外發(fā)生，所以警局才會(huì)派警員混進(jìn)游行隊(duì)伍進(jìn)行調(diào)查，首先出事的是高木警官的車，之后，大家一起查看光彥在炸彈附近拍攝的影像，就在這時(shí)，又發(fā)生了一起爆炸事件。