在FBI制定作戰(zhàn)計(jì)劃的同時(shí)黑暗組織就已經(jīng)展開(kāi)了行動(dòng)，他們以南田陸道的名義寄給FBI一盆花，就在柯南推測(cè)敵人的意圖時(shí)，杯戶中央醫(yī)院突然涌來(lái)大波病患，這無(wú)疑也是黑暗組織的安排，在處理完花盆里埋的炸彈后，醫(yī)院陸續(xù)出現(xiàn)送貨員，而這些貨物全部都是黑暗組織送的炸彈，如果醫(yī)院爆炸，后果不堪設(shè)想，柯南和赤井秀一又會(huì)采取什么行動(dòng)？

超級(jí)粉絲庵野先生看過(guò)照片之后十分確定英祐的姐姐就是水無(wú)憐奈，他還特意播放了一段水無(wú)憐奈在火災(zāi)中獻(xiàn)血的的影像，但即便如此，英祐還是不承認(rèn)這個(gè)主播就是姐姐，因?yàn)樗驮o自己輸過(guò)血的姐姐的血型不同。幾日后，英祐再次來(lái)到事務(wù)所，說(shuō)自己會(huì)去奧平家取媽媽留下遺物，碰巧小五郎也正準(zhǔn)備去那里調(diào)查一年前發(fā)生的命案，于是，一行人來(lái)到奧平家，柯南從親子手冊(cè)上確定了英祐的血型，而另一邊，小五郎也展開(kāi)了調(diào)查。

新一、小蘭和阿笠博士依照暗號(hào)的指示一路來(lái)到了米花辦事處，并在樓頂找到了最后一個(gè)暗號(hào)，這個(gè)寫有s→w的暗號(hào)到底是何含義？阿笠博士說(shuō)這或許代表方向，而此時(shí)出現(xiàn)在西南方的竟是泛紅的夕陽(yáng)，新一認(rèn)為這都是爸爸想讓自己看到落日才出的暗號(hào)。講完這個(gè)十年前的故事后，柯南突然發(fā)覺(jué)有哪里不對(duì)，便重新將這個(gè)事件重新梳理，驚奇發(fā)現(xiàn)這個(gè)謎題其實(shí)是……

少年偵探團(tuán)、灰原與柯南等人發(fā)現(xiàn)小說(shuō)家萬(wàn)田年久的弟子原本高平在家中遇害。目暮調(diào)查了死亡推定時(shí)間內(nèi)的不在場(chǎng)證明。萬(wàn)田說(shuō)他從昨晚起一直把自己關(guān)在旅館的房間內(nèi)、案發(fā)時(shí)也沒(méi)出過(guò)房間。高木發(fā)現(xiàn)旅館和原本家確實(shí)很近。可是，島木說(shuō)自己確實(shí)在旅館的候梯廳等萬(wàn)田，而萬(wàn)田的貓最終暴露了他犯罪的事實(shí)。而最終萬(wàn)田也承認(rèn)了自己的罪行。

在尸體旁邊的筆記本上死者留下了一個(gè)晦澀的死亡訊息，不論怎么想也理不出頭緒，之后，山村警官也趕來(lái)介入調(diào)查，他們將目標(biāo)鎖定在山下旅館投宿的三位客人當(dāng)中，就在這時(shí)，柯南像是想到了什么，他獨(dú)自一人返回山里并在一棵樹(shù)下挖出了白骨，于是他就在這里等待兇手自投羅網(wǎng)，然而，讓他沒(méi)想到的是對(duì)方居然帶領(lǐng)了一大波人……