京城里彌漫著一種神秘香氣，由于來勢突然朝廷內外俱驚。乾隆命和珅迅速查明香氣源頭。一神秘女人，自稱知道香氣由來，原來紀曉嵐為了撰寫《四庫全書》而廣征天下藏書，好友顏驥踴躍獻書。和珅卻大興文字獄。乾隆在和珅的煽動下，將顏驥全家賜死。紀曉嵐無力回天，只有將顏驥生前收藏的西域煙草點燃，以此明志要為顏驥討回公道，也正是此獨特香氣使全城大亂。昔日神秘女子正是顏驥流落在民間的私生女顏如五。如玉認為一切都因紀曉嵐而起，決定替父報仇，紀曉嵐扮作戲子，在戲臺之上拿出乾隆賜予的金煙桿，表明要為顏驥翻案的決心。

紀曉嵐與和聯手派人護送御醫呂長安安在回京，這對多年來的冤家對頭即使在相互合作時也不忘反唇相譏，彼此嘲謔。 從呂長安之口，眾人才知四姑娘與十四王爺乃是藥方奇案的罪魁禍首，眼前紙包不住火，陰險毒辣的十四王爺決定丟卒保車，要四姑娘刺殺紀曉嵐后再自殺，以消滅罪跡，眼見自己忠心耿耿追隨的人竟如此冷酷無情，四姑娘徹底絕望，將一劑毒藥一飲而盡。 紫禁城內，皇上召見文武百官，和得意洋洋肆意表功，紀曉嵐巧設圈套，使和、?？蛋才灿秘暺返牟涣x之舉和此后協助自己調查藥方密案的合作之功一一道出，搞得二人一驚一乍。 十四王爺應召入宮見駕，藥方奇案終于到了真相大白的時候。

紀曉嵐從鴿子賣主口中得知鴿子可以傳信，聯想到和珅收購大量鴿子，紀曉嵐有所覺悟。趙青找到和珅，懇求其允許自己替哥哥考試。一曾經被紀曉嵐救助過的翰林將和珅收買眾翰林替考生答卷作弊并由鴿子傳送的消息透露繪紀曉嵐。紀曉嵐命小月在適當的時候燃放爆竹，以驅趕鴿群。趙青得知考生均要過“凈身池”很是擔心，她面露猶豫之色引起士兵的懷疑。正在兩人拉扯之時，紀曉嵐出現并堅決表示不會讓趙青進入考場。為了拉攏趙青為自己效力，和珅以趙青忠孝為由，懇請乾隆傳其入場，紀曉嵐卻以“無規矩不成方圓”為由大加反對。小月跟蹤和琳，發現了眾翰林答卷的密室，正當小月想要察看一番時，卻被和琳發現并打暈。小月醒來發現試卷已被鴿子帶走，便飛馬趕往考場。沒有小月的命令，等候放爆竹的人誰也不敢動手，眼睜睜地看著鴿群飛過。紀曉嵐將準備好的誘鴿放上天，鴿群在誘鴿的帶領下紛紛落地。小月趕到并下令放爆竹，結果鴿群受到驚嚇又再次飛上天，和珅幸災樂禍。得知自己高中，趙青深感愧疚，于大堂之上向乾隆揭露考試內幕。

太后被紀曉嵐的肺腑之言所感動，答應出面參與調查。和珅的文字獄愈搞愈烈。和珅煽動乾隆命紀曉嵐將顏驥的藏書付之一炬，紀曉嵐巧設妙計保住藏書。如玉在和珅的安排下結識小月，小月對如玉的學識很是佩服并求教于如玉。看到小月的學問突飛猛進，紀曉嵐不禁對如玉產生好奇。小月將紀曉嵐介紹給如玉，紀曉嵐對如玉的品行頗為欣賞。和珅將摻有迷hun藥的煙草送給紀曉嵐，趁紀曉嵐神志不清時，和珅讓其寫下顏驥窩藏反書的奏章。如五發現家父的藏書均在紀曉嵐家中，于是誤認為紀曉嵐為霸占藏書而將顏驥迫害致死，不由對紀曉嵐更加仇恨。

和珅與齊蘇圖懷疑紀曉嵐是裝瘋。為了檢驗藥性，齊蘇圖抓來洪仁，用他做實驗，結果發現確實靈驗。小月看出已經被毒黑的碎銀可能是證據，于是細心保存起來。銀妃用銀票討好太后，以求太后給乾隆施加壓力，替齊家隱瞞罪證。厲春梅為古大力的安危擔心，古大力表示會努力讓厲家姐弟過上好日子。乾隆要懲治齊家，與小月來到工地冒充民工，救下了正要被齊家滅口的古大力等工匠。紀曉嵐趁杏兒做飯的工夫離家出走，走至厲家門口時被追殺工匠的齊家馬車撞倒。厲家姐弟將紀曉嵐扶回家療傷。乾隆和小月將工匠們帶到一荒廟，讓他們在此落腳。古大力對乾隆和小月的身份很是懷疑。為防不測。古大力帶領眾民工挖了一條暗道。紀曉嵐無意中得知遺失的兩枚元寶就在厲家姐弟手里，佯裝可以教厲小春識字而留在厲家。和珅見洪仁的病情越發厲害，于是讓劉全殺其滅口。小月和杏兒碰到了正趕車去郊外殺人滅口的劉全，小月感到其中有蹊蹺，于是將洪仁救回家。