為了找尋灰原存有藥物資料的磁盤(pán)，柯南一行找到了她姐姐明美的老師廣田教授，趕到時(shí)卻發(fā)現(xiàn)教授死在一個(gè)密封的室內(nèi)，經(jīng)過(guò)鑒識(shí)認(rèn)定是后腦勺遭到重物撞擊而死，但這其實(shí)是一件蓄意殺人案，可疑人物鎖定在白倉(cāng)、細(xì)矢和盛岡三人身上，就在柯南的推理遇到瓶頸時(shí)，灰原的一句話點(diǎn)醒了他，他用阿笠博士的聲音道出真相。

柯南等人受邀參加假面超人影迷俱樂(lè)部的派對(duì)，派對(duì)還沒(méi)開(kāi)始多久，突然沖出一名叫三島的男子將假扮成突擊警察的本田先生射殺，繼而自己又舉槍自盡。所幸的是本田穿了件防彈衣，只是輕微受傷，并無(wú)生命危險(xiǎn)。眼見(jiàn)不一定為實(shí)，在大家都以為三島是自殺的時(shí)候，柯南察覺(jué)到這其實(shí)是件蓄意謀殺案。

在醫(yī)院醒過(guò)來(lái)的小蘭看到麻美平安無(wú)事便和園子一起出去買(mǎi)東西，但等她們回來(lái)之后卻發(fā)現(xiàn)麻美不見(jiàn)了。另一邊，柯南還在為找出事故原因向消防員詢(xún)問(wèn)現(xiàn)場(chǎng)狀況，并下山去沢井等人去的便利商店詢(xún)問(wèn)當(dāng)時(shí)他們買(mǎi)東西的場(chǎng)景，在老板指出有一人行動(dòng)奇怪后，柯南便知道了放火就是那個(gè)人！

服部和女友和葉受人委托前往鳥(niǎo)取縣傀儡嶺的武田家，但卻在途中迷路，還遇到了一位叫羅伯泰勒的外國(guó)人，這時(shí)，同樣受到武田家的邀請(qǐng)，為他們解開(kāi)傀儡嶺蜘蛛之家謎團(tuán)的柯南等人剛好從旁邊經(jīng)過(guò)，在他們到達(dá)的當(dāng)天晚上，武田家的長(zhǎng)子信一在木偶倉(cāng)庫(kù)的二樓吊死，接著和葉的身后出現(xiàn)了可疑的人影。

小五郎曾教過(guò)的學(xué)生崎園惠在自己的娘家碰到了一起車(chē)子被人安裝炸彈而被引爆的案件，在爆炸中喪命的人是小惠的妹妹寬美，她在代替不會(huì)倒車(chē)的姐姐小惠倒車(chē)出庫(kù)的時(shí)候慘遭意外，警方一開(kāi)始懷疑嫌犯是個(gè)叫高橋的人，認(rèn)為這個(gè)人和小惠的先生和夫共同籌劃了交換殺人計(jì)劃，原本企圖殺害小惠，沒(méi)想到卻誤殺了寬美，就在他們俯首認(rèn)罪，事情告一段落的時(shí)候，柯南注意到了小惠。