柯南他們少年偵探團(tuán)坐阿笠博士的車去野營。在那里認(rèn)識(shí)了4個(gè)戶外同好會(huì)的大學(xué)生。晚上他們中間的泰美卻不見了。柯南他們?yōu)榱藢ふ姨┟蓝鴣淼椒艧熁ǖ母吲_(tái)，但在途中撞飛了落下的欄桿。到達(dá)高臺(tái)后仍然不見泰美的蹤影，在回來的路上，卻發(fā)現(xiàn)了倒在路邊的泰美遺體出現(xiàn)在街上。雖然看似事故的現(xiàn)場但在高木警官的提醒下警方最終確定是他殺事件！

步美偶然撞上的殺人魔在逃。根據(jù)在她手上留下的痕跡，柯南和佐藤警官確定了犯人所乘車輛的車種，之后緊急拘捕了3名嫌疑者。因?yàn)榉溉丝赡艹钟姓囱蔫€匙，柯南推測鑰匙孔里會(huì)有血便請求測試熒光反應(yīng)，但是竟然都沒有檢測出反應(yīng)！就在這時(shí)柯南發(fā)現(xiàn)了犯人躲避檢測的發(fā)法，在柯南的協(xié)助下警方終于逮捕了犯人。

少年偵探隊(duì)為幫白鳥警官報(bào)仇，堅(jiān)持留下來和警察一起進(jìn)行破案，根據(jù)歹徒留下來的警告信，警方認(rèn)為炸彈就安在紅色的電車上，可是費(fèi)盡力氣找到的全都是用來混淆視聽的假炸彈，如果找不到炸彈,住在東京區(qū)的1200萬居民都將成為人質(zhì)，柯南再次仔細(xì)琢磨這封警告信，發(fā)現(xiàn)歹徒所指的地方就是東都塔，并且那里也已經(jīng)發(fā)生了一次小型爆炸。高木警官和柯南沖入東都塔，成功將困在電梯的女孩解救，但他們兩人就沒有那么幸運(yùn)了，柯南發(fā)現(xiàn)裝在炸彈上的水銀汞柱已經(jīng)啟動(dòng)！

追蹤光彥而來到群馬縣山中的柯南他們，得知一名連續(xù)殺人犯逃入了同一森林中。沿著小河走的光彥與推理中的柯南用偵探徽章呼叫他時(shí)，光彥被殺人犯逮著。哀告訴柯南沼淵原來是組織的成員。柯南正要告訴哀光彥來此的目的時(shí)，光彥的徽章聲音迫近了。終于在眾人找到光彥的時(shí)候驚訝的發(fā)現(xiàn)他和光彥在一起！原來兩人都只是為了來看螢火蟲。

就在警方和小五郎集中精力思考兇手是如何調(diào)換毛巾時(shí)，柯南卻重返飯桌，回憶當(dāng)時(shí)自己為拿醬油和辣油轉(zhuǎn)旋轉(zhuǎn)桌面時(shí)的場景，這時(shí)他突然想到或許兇手根本就不是用有毒毛巾殺人的可能，在向鑒識(shí)人員確認(rèn)了自己的想法后，兇手浮出水面，他讓所有人都按照案發(fā)時(shí)的位置做好，并重現(xiàn)當(dāng)時(shí)的場景，而兇手卻在不知不覺間自己露出了馬腳。