柯南，小蘭和小五郎一行三人到飯店避暑，正巧在這里碰到了和其他律師一起來這里度假的妃英理，當(dāng)晚為了找尋酒醉未歸的小五郎，竟然發(fā)現(xiàn)了死在密室里的律師律子，然而糟糕的是，小五郎竟然就睡在這個(gè)房間里，于是小五郎就以案件重要關(guān)系人的身份被帶回了群馬縣警局，佐久作為辯護(hù)律師一同前去，而柯南和妃英理等人則留在現(xiàn)場進(jìn)行調(diào)查。

某天突然神秘女子池波來到事務(wù)所說要尋找中學(xué)同學(xué)柴田。通過池波提供的照片小五郎很快就找到了柴田，他們一行人立刻去了柴田家。就在進(jìn)入池田家的時(shí)候卻發(fā)現(xiàn)池田已經(jīng)被殺害而死時(shí)手里捏著的正式池波年輕時(shí)的照片！而柯南對(duì)這位委托人不夠完美的說詞充滿了疑問。在不斷的調(diào)查中柯南發(fā)現(xiàn)神秘女子的疑團(tuán)不斷增多，池波究竟是何方神圣？

茂木認(rèn)為小五郎是兇手而開槍將他射傷，當(dāng)前來“黃昏別館”的所有名偵探都命喪黃泉時(shí)，電腦上居然出現(xiàn)了一行關(guān)于寶藏的信息，一直躲在監(jiān)視器操控室的神秘幕后黑手終于按捺不住露出了真面目，沒想到這個(gè)人居然是……柯南引導(dǎo)她說出了整件事的真相，而這時(shí)，本應(yīng)死去的偵探們居然都出現(xiàn)在門口，可到底是怎么回事？這棟別墅的寶藏又是什么？

園子和小蘭差點(diǎn)被車撞了，由此認(rèn)識(shí)了那個(gè)司機(jī)吉野千惠。千惠抱怨最近老是頭昏，頭痛。而她的丈夫卻沒有提醒小心路上斷層的事情才導(dǎo)致了之前的驚險(xiǎn)。小蘭總覺得千惠丈夫的態(tài)度有些奇怪。在拜訪千惠家的時(shí)候小蘭她們得知千惠的丈夫?yàn)樗徺I了一千萬日元的保險(xiǎn)，疑團(tuán)逐漸增多。經(jīng)過調(diào)查，千惠丈夫的意圖最終暴露出來。

柯南得知了整個(gè)案件的真相之后，將小五郎麻醉并把旅店的所有人都叫到廚房，他首先請(qǐng)出了這起案件的關(guān)鍵——三郎，就在大家疑惑時(shí)，屋子里又出現(xiàn)了一只和三郎一樣的狗，柯南道出了連老板娘都不知道的隱情……解釋清楚三郎的事情后，接下來就是戳穿兇手，揭示真相的時(shí)刻，兇手根本就不是森林里帶黑色針織帽子的男子，相反的她就在這間旅店中，沒錯(cuò)，兇手就是……