小五郎受委托調(diào)查游戲軟件工程師板倉(cāng)死亡。目暮警官斷定是心臟病發(fā)作的殺人事件。小五郎懷疑三名委托人是嫌疑犯，但沒有證據(jù)?？履蠟榱说玫接涗浿谏M織線索的被害者日記磁片，急于解決事件。但一直沒有機(jī)會(huì)。而在案件調(diào)查方面最終在看到不自然的圍棋盤之后柯南得知死者留下的死前訊息并指出了兇手的所在。

無法渡海，大家只能暫時(shí)待在鎮(zhèn)長(zhǎng)家的廢棄別墅里，然而干坐在這里等救援還不如對(duì)這棟房子進(jìn)行一番調(diào)查，于是 ，大家就分組行動(dòng)，柯南和服部等人在一樓的房間里發(fā)現(xiàn)了鎮(zhèn)長(zhǎng)和他女兒的照片以及房梁上一些莫名其妙的文字，突然間，二樓傳來慘叫，久米不知為何在看到鎮(zhèn)長(zhǎng)女兒的肖像油畫后就變的很反常，這時(shí)，救援船趕來，可船上卻只有一具船長(zhǎng)的尸體和一行字句，事情變得越來越奇怪了。

阿笠博士帶著柯南和哀拜訪了哀父親的兒時(shí)的玩伴出島。但就在這時(shí)出島卻被毒死！小哀擔(dān)心可能是暗黑組織發(fā)現(xiàn)了姐姐留下的東西而殺人滅口，但柯南予以否定并道出了兇手利用廁所的抽紙而實(shí)行的殺人計(jì)劃，而兇手正是設(shè)計(jì)所的設(shè)計(jì)員。案件解決后小哀終于拿到了姐姐留下的媽媽的遺物。另一方面黑衣人一伙似乎也有了新的行動(dòng)。

雖然他們四人都有不在場(chǎng)的證明，但警方和小五郎仍然對(duì)他們保持懷疑態(tài)度，并前去他們當(dāng)時(shí)所在的唐戶市場(chǎng)、唐戶棧橋和海響?zhàn)^逐一進(jìn)行確認(rèn)，就在小五郎自認(rèn)為推理出整個(gè)案件時(shí)，野島榮子卻跑去警局自首，她將自己殺人的過程和動(dòng)機(jī)一五一十的坦白，隨后她的三位朋友趕到，為了友情他們又曾有何行動(dòng)？真正殺死真尾的人真的是野島榮子嗎？

少年偵探隊(duì)為幫白鳥警官報(bào)仇，堅(jiān)持留下來和警察一起進(jìn)行破案，根據(jù)歹徒留下來的警告信，警方認(rèn)為炸彈就安在紅色的電車上，可是費(fèi)盡力氣找到的全都是用來混淆視聽的假炸彈，如果找不到炸彈,住在東京區(qū)的1200萬居民都將成為人質(zhì)，柯南再次仔細(xì)琢磨這封警告信，發(fā)現(xiàn)歹徒所指的地方就是東都塔，并且那里也已經(jīng)發(fā)生了一次小型爆炸。高木警官和柯南沖入東都塔，成功將困在電梯的女孩解救，但他們兩人就沒有那么幸運(yùn)了，柯南發(fā)現(xiàn)裝在炸彈上的水銀汞柱已經(jīng)啟動(dòng)！