小五郎，柯南和小蘭三人在前往泡溫泉的路上遇到了一起交通意外，其中駕駛紅色車子的速水當(dāng)場(chǎng)死亡，另一位車主車谷整司則身受重傷，據(jù)當(dāng)?shù)亟痪f發(fā)生車禍的原因可能是因?yàn)闆_撞路線現(xiàn)象，但柯南卻并不認(rèn)為這是單純的交通事故，因?yàn)樗霸诒憷暌娺^這兩輛車子，當(dāng)時(shí)明明是開往不同的方向?yàn)槭裁磿?huì)如此巧合的發(fā)生相撞，調(diào)查之后，事情果然如他料想一般，這是一起有預(yù)謀的殺人案。

柯南和小蘭在東都環(huán)狀線列車上遇見了一位見義勇為的老人，然而，沒想到當(dāng)他們?cè)俅我娒鏁r(shí)卻是在殺人現(xiàn)場(chǎng)，死者是詐騙集團(tuán)的通緝犯，而這位名叫法月的老人正是此案的目擊證人，他說自己曾看到同是詐騙犯的桐谷出沒案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)，但桐谷卻大喊冤屈，期間，柯南察覺到老先生法月的證詞有疑點(diǎn)，深入調(diào)查后，真相果然如他料想一般。

對(duì)時(shí)鐘狂熱的保科琉璍子在自己的身日宴會(huì)上被刺身亡。在調(diào)查來賓是古垣透露出犯人肯能是個(gè)胖子的證詞，而在調(diào)查了所有客人后并沒有發(fā)現(xiàn)符合猜想的嫌疑人。在聽到大時(shí)鐘的零點(diǎn)報(bào)時(shí)后柯南發(fā)現(xiàn)了犯人利用報(bào)時(shí)的大時(shí)鐘的殺人手法和兇手的身份。兇手最終承認(rèn)了因?yàn)闉楹糜褕?bào)仇而殺人的事實(shí)。

阿笠博士和少年偵探團(tuán)在河灘看螢火蟲的時(shí)候，垂水打電話給運(yùn)來螢火蟲的中嶺，不想電話的另一邊卻傳來痛苦的呻吟聲，于是大伙兒匆忙驅(qū)車趕往事發(fā)地點(diǎn)，到達(dá)時(shí)中嶺已經(jīng)在自己的車子里停止了呼吸，在他的旁邊還有一瓶有毒的飲料，有四人具有犯案嫌疑小和田道武以及他的女兒小葵、垂水和達(dá)馬，就在鳴龍梳理案情時(shí)，柯南注意到了元太從垂水車上拿的手電筒，這正是破案的關(guān)鍵！

就在萬由美好不容易找到自己的身份的時(shí)候卻突然逃走了，而她遺失的紙條上寫著“要知道真相就一個(gè)人來”的信息！而就在柯南追過來之后發(fā)現(xiàn)險(xiǎn)遭毒手的萬由美。在眾人調(diào)查神社時(shí)得知萬由美之前曾來過這里。晚上萬由美又再次的險(xiǎn)遭綁架，但凡人卻留下了一份借條，借此柯南推斷出了犯人的身份，而所謂的好友的身份也最終暴露出來。