平次和和葉子預定來找柯南，但到了預定時間還沒有出現(xiàn)柯南他們很擔心。小蘭突然想起了服部說過要和一個叫楠川的偵探見面。不久柯南他們在楠川的公寓找到線索后來到律師伊藤美沙里的家里。但是伊藤卻聲稱平次他們的事自己完全不知情。但此時服部和和葉正被關(guān)在他家的房頂里，原來伊藤的目的是為了逼迫平次解開放有自己偷稅證據(jù)的銀行保險箱的密碼，平次和葉子是否能夠脫險？

帝丹高中最近發(fā)生了不可思議的靈異事件，小蘭本想拜托小五郎調(diào)查卻被拒絕，所以由柯南出馬破解校園靈異事件之謎。期間，小蘭他們還遇到新出醫(yī)生，于是一行人在園子的帶領(lǐng)下首先來到了體育館，這里曾莫名的出現(xiàn)了兩年前就已死去的保坂的書桌，接著又來到了詭異的圖書館和導致保坂死去的樓梯，經(jīng)過一圈查看，柯南已大致明白，就在這時，操場中間突然出現(xiàn)了保坂的書桌……

為了送灰原去看病的柯南和阿笠博士，在東都百貨商店的地下停車場里遇到了殺人事件。被害者是和另三位擁有保時捷車的朋友打完高爾夫回去途中遇害的。目暮警官對這三個人進行了詢問后發(fā)現(xiàn)三個人在案發(fā)時侯都有不在場證明。但是看到三個人的保時捷車內(nèi)的照片后的柯南發(fā)現(xiàn)了事情的真相。借助園子，柯南向眾人揭露了事件的真相。而兩名神秘也似乎找到了灰原所在之處？！

發(fā)燒的小哀醒過來發(fā)現(xiàn)阿笠博士倒在了電腦之前，正當小哀以為教授被黑衣人殺害的時候發(fā)現(xiàn)只是誤會。之后柯南，小哀和阿笠博士去拜訪了哀的父親宮野博士的朋友出島。他們認為他可能多少知道一點黑暗組織的以及哀父親的行蹤，但是出島也已經(jīng)30多年沒和宮野博士碰頭了。但是就是最近宮野博士女兒明美曾來拜訪過，正當柯南，小哀尋找明美留在這里的物品時出島卻意外死亡！

受園子的邀請，柯南、蘭、小五郎到輕井澤游玩。因為在森林中迷了路，所以決定在山里的一軒家借宿。在那里，遇見了白天見到的網(wǎng)球教練明石寬人。但是，夜里，卻發(fā)現(xiàn)了寬人的父親巖夫上吊的尸首。在柯南的提示下，警官也發(fā)現(xiàn)從尸體嘴里留下的不正常血跡。之后眾人還得知了石明三年前妻子去世的事情。而明石身上的疑團也越來越多。