紀曉嵐夜讀時又接到被扔進窗子的紙條，上面寫有郭天的消息，紀曉嵐懷疑黑衣人正是張了了。紀曉嵐夜探郭天，得到通報的和珅與盧焯眼見沒有退路，只得慌忙扮成囚犯躺在隔壁囚房。乾隆看到瑤琴乘坐的馬車很是欣喜，不料落入盧安的圈套，也被一同押走。乾隆三人被關在洞中，外面重兵把守。乾隆佯裝自殺以騙過盧安，再見機救出瑤琴。紀曉嵐終于醒悟，誓要擺脫情感糾葛，全力調查國庫虧空一案。紀曉嵐扮作江湖郎中，偶遇掌管賬本的宋司庫，以自己掌握的情況博得宋司庫信任，并抓住其惶恐的心理，以消災為由取得真賬本。和珅模不透紀曉嵐葫蘆里賣的是什么藥，便決定先下手為強，命盧安將瑤琴押回杭州以要挾郭天認罪，卻沒料到乾隆在盧安即將動身時救出瑤琴。

莫愁救出的那位女子自稱是《紅樓夢》作者曹雪芹之妻湘云，因慕紀曉嵐之名，特意拜訪，希望能借助正在編纂《四庫全書》的紀大人之手，使“紅樓”重見天日。紀曉嵐與寄居其府宅“閱微草堂”的小月、莫愁為書中情節所感染，急欲一睹作者面目，一起來到香山紅葉村，眼前的景象卻著實凄涼：殘垣斷墻，人去室空，只有作者遺像懸掛在墻上。正身傷感，卻被福康安的大隊人馬圍堵，說是要搜捕反清復明的殘孽余黨。 利用《紅樓夢》這部所謂的反書，福康安落井下石，將紀曉嵐投入天牢，和幸災樂禍，假意探望。正當小月、莫愁一籌莫展，從泰山而來的皇上口諭意外地救了他們。原來太后嗜好紀府以中藥炮制的話梅，限期二日之內速送至泰安府。剛剛在第一回合的較量中占了風頭的和雖不甘就此罷休，憚于太后、皇上之命，放了紀曉嵐出獄。 湘云怕《紅樓夢》書稿被抄沒和失落，執意要求由紀曉嵐來保管，面對她的信任，紀曉嵐決心不惜身家性命，定為這部千古奇書盡了綿薄之力，使之盡早刊行于世。

和珅將顏家平反的功勞全攬到自己身上，將紀曉嵐說的一無是處。如玉受到蒙騙，懇請和珅幫自己報仇。和珅將偽造的金煙桿交給如玉，讓其盜出真煙桿以陷害紀曉嵐。如玉讓戴沾里應外合，戴沾只得勉強答應。戴沾見如玉成功，為表示自己因為此舉而深感愧疚，要放棄修書。乾隆與和珅夜訪紀府，紀曉嵐在和珅的慫恿下拿出金煙桿，卻發現煙桿為偽造之物，紀曉嵐愕然。劉全建議和珅殺如玉滅口，以掩蓋煙桿之謎。和珅突然升起憐香惜玉之情。紀曉嵐為煙桿之事一籌莫展，隱隱感覺此事與和珅有關。從紀曉嵐口中得知戴沾已替自己攬下全部罪責，如玉頓時亂了方寸。戴沾表示自己并沒有認罪，如玉方才察覺自己已中了紀曉嵐的圈套。兩人爭相要替對方承擔罪責。如玉決定自首。一個殺手受劉全指使，謊稱替紀曉嵐來接如玉。如玉被帶至一荒廟。就在殺手要下手時，小月趕到，救出如玉，并告訴其和珅的真實面目，鼓勵如玉狀告和珅。

和珅知道紙里包不住火，于是將齊蘇圖的贈銀封好，以便日后上繳以示清白。乾隆暗示銀妃要堅決查辦齊家，銀妃佯裝大義滅親，以死來表示自己不愿讓乾隆為私情所累，乾隆深受感動，表示不再追究齊家。太后此時也出面對銀妃予以袒護。劉全跟蹤紀曉嵐找到工匠住處。瘋癲的洪仁趁眾人不備跑出院子，被劉全劫持。紀曉嵐無意中發現了古大力挖的暗道。和珅惟恐自己被連累其中，于是讓劉全將工匠的藏身之處透露給齊家，再制造洪仁瘋癲之中縱火的假象以害死洪仁。小月夜闖皇宮，讓乾隆秉公執法，查辦齊家，乾隆卻表示礙于親情，無能為力。紀曉嵐再次披露齊家貪贓枉法的罪行，乾隆大怒。齊蘇圖趁紀曉嵐去給工匠送飯之機，將房子點燃。紀曉嵐等人猶如甕中之鱉。

紀曉嵐見狀于大殿之上說出齊家借職務之便大肆斂財并佯裝出殯轉移錢財的事實。乾隆聞聽此言，意識到紀曉嵐所指正是自己寵妃的舅舅，于是指責紀曉嵐道聽途說。齊蘇圖找到受到乾隆寵幸的銀妃幫忙，銀妃表示會替舅舅擺平此事。齊蘇圖重金賄賂和?|。兩人商議挨家挨戶用散銀換取丟失的庫銀以掩蓋罪證。得知可以用元寶和官府換取兩倍的散銀，百姓皆經受不住誘惑。厲春梅的小弟厲小春也撿到了兩枚元寶，但厲家姐弟并沒有以此換取銀兩。紀曉嵐得知有此等好事，跟小月軟磨硬泡要了一個元寶，也要去以少換多。當他滿心歡喜之時，卻被告之只換印有內務府字樣的元寶。紀曉嵐故意鬧事，被抓進牢里。和?|讓牢頭用高價換紀曉嵐的元寶，好趕快打發走紀曉嵐。誰知紀曉嵐換完散銀后，卻以被捕理由不明為由，拒絕出獄。