小五郎帶著小蘭和柯南一起去美容院接妃英理吃飯的途中聽到了奇怪的聲音，停車后，他們發現格斗家永作司朗的尸體躺在垃圾堆中，警方立刻趕來調查，他們發現死者的脖頸部位有許多細小的毛發,由此推斷永作司朗死亡之前可能在剪頭發，這時，給妃英理做頭發的美容家葉坂皆代說自己曾和死者是戀人，于是一行人又到她的美容院查看，雖然她有殺人的動機和嫌疑但與此同時她也有不在場的證明。

為防止基德混入人群，次郎吉將所有人都隔離在防護網外，在眾粉絲表示不滿的同時，基德也宣告自己不會在如此冷清的舞臺表演，在他的煽動下，粉絲們沖破包圍網。魔術表演開始以前，他找到死對頭柯南并在他身上安裝了竊聽器，一切準備就緒，基德順利拿走了寶石鞋子，然而就在他通往樓頂的途中，看破瞬間移動的柯南出現在樓頂……

小五郎受浦生良造的委托幫忙找能夠證明他清白的目擊證人，本以為小事一樁，沒想到出乎意料的困難。幾日之后，浦生良造的遺體被人發現，因為五年前他曾有過含冤被抓的經歷，因此不愿再次承受這樣痛苦的他選擇了自殺，然而，小五郎認為這是一起他殺事件，于是他聯手老友竹岡一起調查。之后，他們找到了死者的外甥京介并將他鎖定為嫌疑人，可是次日京介就死在了家里，與此同時也找到了他的不在場證明，小五郎認為這都是自己所造成的結果，于是決定摘掉事務所的招牌。

沒過多久本堂瑛佑再次找到小五郎說他在網上發現了一件有趣的事情，于是就把他們帶到了鳥矢町，沒想到竟然在這里遇見了高木和目暮警官，他們正在調查一起兇殺案，死者是住在附近的船本太太，就在大家詢問案情的期間，船本家的兒子透司說兇手是一個穿著黑衣服的外國女人，難道是黑衣組織？這時，柯南突然想起這個小男孩就是曾出現在水無憐奈車禍現場的人。

妃英理找到企圖辭職的九條檢察官，并告訴她竹內的死并非自殺而是經過策劃的謀殺案件，得知此事九條檢察官決定和妃英理一起在法庭上將真相公之于眾。審判過程中，小五郎以辯方的特別證人出現，他不但說明了竹內夫婦早已名存實亡的婚姻，還將五年前竹內違法建筑案的內幕也說了出來，然而最關鍵的竹內死亡之謎還是由柯南道出真相！