小五郎曾教過的學(xué)生崎園惠在自己的娘家碰到了一起車子被人安裝炸彈而被引爆的案件，在爆炸中喪命的人是小惠的妹妹寬美，她在代替不會(huì)倒車的姐姐小惠倒車出庫(kù)的時(shí)候慘遭意外，警方一開始懷疑嫌犯是個(gè)叫高橋的人，認(rèn)為這個(gè)人和小惠的先生和夫共同籌劃了交換殺人計(jì)劃，原本企圖殺害小惠，沒想到卻誤殺了寬美，就在他們俯首認(rèn)罪，事情告一段落的時(shí)候，柯南注意到了小惠。

小五郎受學(xué)生時(shí)代認(rèn)識(shí)的房東太太宗田光江之托，開導(dǎo)她最近不知為何事而消沉的孫子阿真，數(shù)次敲門無(wú)人回應(yīng)，光江用備份鑰匙把門打開，卻發(fā)現(xiàn)屋內(nèi)一片狼藉，而且墻壁上還涂滿了用紅色蠟筆畫的線，大家在浴室發(fā)現(xiàn)了割腕而死的阿真，光江讓柯南找來(lái)醫(yī)科大學(xué)的房客城戶，但已經(jīng)為時(shí)已晚，小五郎斷定這是自殺案件，但光江和柯南卻認(rèn)為是被人抹殺，這時(shí)，大家注意到了在建筑模型里的鑰匙，也就是說這是密室殺人事件！

馬上趕到增尾家的眾人發(fā)現(xiàn)增尾的妻子已經(jīng)被殺害了。看似是強(qiáng)盜殺人的事件中柯南卻從中發(fā)現(xiàn)了疑點(diǎn)，經(jīng)過推理最終發(fā)現(xiàn)了犯人的犯罪手法在。在柯南的提醒下高木警官揭露了犯人的騙局。另一方面佐藤警官拒絕了白鳥警部的邀請(qǐng)轉(zhuǎn)而邀請(qǐng)高木警官一同吃飯就在這時(shí)出現(xiàn)的暮目警官卻讓高木產(chǎn)生了誤會(huì)。

大樓下面已經(jīng)被記者圍堵，目暮警官讓小五郎暫時(shí)引開記者的注意，自己好帶土方幸三郎和沖田離開，就在小五郎對(duì)記者透漏兇手是沖田時(shí)，柯南將他麻醉重新進(jìn)行了推理，并指出兇手另有其人，而這個(gè)人就是正在警方掩護(hù)下準(zhǔn)備離開的……柯南當(dāng)著所有媒體的面揭穿了兇手并用找到的有力證據(jù)讓他認(rèn)罪。

原來(lái)幸田把從寶石店里偷來(lái)的寶石分散埋在了綿貫家的院子里，而警察追過來(lái)時(shí)幸田稱寶石被埋到了院子里而警方則不得不挖開整個(gè)院子。但警察在挖掘后并沒有發(fā)現(xiàn)尸體。少年偵探團(tuán)的各位在調(diào)查了綿貫家附近之后發(fā)現(xiàn)了綿貫殺害早苗的事實(shí)和藏尸的地點(diǎn)。在少年偵探團(tuán)們的的指引下警方最終找到了早苗的遺體，而遺落的大波斯菊的種子最終說明了早苗鎖在的地點(diǎn)。