小五郎曾教過的學(xué)生崎園惠在自己的娘家碰到了一起車子被人安裝炸彈而被引爆的案件，在爆炸中喪命的人是小惠的妹妹寬美，她在代替不會倒車的姐姐小惠倒車出庫的時候慘遭意外，警方一開始懷疑嫌犯是個叫高橋的人，認(rèn)為這個人和小惠的先生和夫共同籌劃了交換殺人計劃，原本企圖殺害小惠，沒想到卻誤殺了寬美，就在他們俯首認(rèn)罪，事情告一段落的時候，柯南注意到了小惠。

少年偵探團(tuán)從事務(wù)所的答錄機上聽到天氣播報員淺野亞紀(jì)的留言，便私自決定代替小五郎去處理事件，來到電視臺后，亞紀(jì)熱情招待大家，還記下了柯南的call機的號碼，期間，亞紀(jì)接到了一通電話匆匆離去。在等待的過程中，柯南的call機收到了亞紀(jì)發(fā)來的留言，根據(jù)這些陸續(xù)發(fā)來的數(shù)字，大家推斷出亞紀(jì)一定是遇到了危險，經(jīng)過反復(fù)推敲和琢磨，柯南終于明白了其中的含義，并按照這個訊息找到了被綁架的亞紀(jì)。

原來這個叫葉才三的人，就是二十年前「四億元強盜殺人案」的主謀，鮫崎和小武郎急忙趕到葉才三所在的101號房卻發(fā)現(xiàn)屋內(nèi)空無一人，反而吵醒了睡在隔壁的服部，之后，大家找遍交響樂號也沒有發(fā)現(xiàn)葉才三的身影，如果挨過今晚，法律將不再追訴他們二十年前所犯下的罪行，葉才三和他的同伙也將恢復(fù)自由之身。十二點之后，甲板上傳出槍聲旗子也被人點燃，柯南發(fā)現(xiàn)了一張寫有奇怪語句的紙鈔，這時，船尾發(fā)生爆炸，而在這熊熊大火之中，隱約可見一具尸體。

前往洋子演唱會的途中，小五郎弄丟了門票，這時，碰巧遇到了一個叫青島全代的小姐，她表示如果能接她妹妹聽演唱會，就愿意把多余的門票讓給小五郎。當(dāng)大伙兒到全代的家時發(fā)現(xiàn)她的妹妹美菜在一個密閉的浴室中狀似自殺死亡多時，這個浴室的門窗縫隙全部從內(nèi)部用膠帶貼住，經(jīng)過鑒識膠帶上只有美菜一個人的指紋，雖然警方認(rèn)為這是自殺案件，但種種疑點表明這絕對是謀殺。

小五郎帶小蘭和柯南去日賣樂園游玩，正好碰上劇場演出，假面超人的表演橫跨整個樂園，可就在他表演從高空彈跳的動作時，腳踝的橡皮突然斷裂，假面超人的表演者西野掉落河中而死，這起案件乍一看是意外，但柯南注意到橡皮有灼燒的痕跡并非自然斷裂，于是推斷出這是謀殺，在對案發(fā)現(xiàn)場進(jìn)行調(diào)查和相關(guān)人員的偵訊后，兇手浮出水面！