柯南在新出醫(yī)院遇到的老先生說了一段讓人匪夷所思的鬼怪理論，為了探求真相，柯南等人來到了這棟有鬼出沒的公寓，在其旁邊還有一棟因人自殺而停工的公寓，正前方的公園也曾現(xiàn)過一具女性的焦尸，這些傳聞聽著就叫人毛骨悚然。當(dāng)晚，大家在老先生的房中等鬼出現(xiàn)時，卻不知不覺都睡著了，恍惚中，電視自己打開并出現(xiàn)了恐怖畫面，而馬桶的水也突然變成紅色，窗外還出現(xiàn)了鬼影，難道這棟公寓真的有鬼？如果這一切都是人為，那么他又有什么目的呢？？

就在警方和小五郎集中精力思考兇手是如何調(diào)換毛巾時，柯南卻重返飯桌，回憶當(dāng)時自己為拿醬油和辣油轉(zhuǎn)旋轉(zhuǎn)桌面時的場景，這時他突然想到或許兇手根本就不是用有毒毛巾殺人的可能，在向鑒識人員確認(rèn)了自己的想法后，兇手浮出水面，他讓所有人都按照案發(fā)時的位置做好，并重現(xiàn)當(dāng)時的場景，而兇手卻在不知不覺間自己露出了馬腳。

高木警官和佐藤警官瞞著警局里的同事們，偷偷在熱帶樂園的水世界見面，為了阻撓他們的約會，警局的同事們暗中搗鬼，安排柯南，光彥等人出現(xiàn)在他們面前，就在這個時候，高木警官原本裝有求婚戒指的包居然出現(xiàn)毒品，之后，他意識到這一定是在搭乘“海地五萬里列車”時被人調(diào)了包，柯南根據(jù)這個包包的肩帶判斷出他的主人是個左撇子，并根據(jù)當(dāng)時所拍攝的照片和游客所填寫的信息表，將目標(biāo)鎖定在一個叫高城登的人身上。

園子的大伯次郎吉因為怪盜基德曾經(jīng)搶了他大出風(fēng)頭的機(jī)會，而一直耿耿于懷，便不惜人力物力發(fā)誓抓住基德，他以“藍(lán)色奇跡”為誘餌高調(diào)的在報紙上向基德下戰(zhàn)書，不想基德居然回應(yīng)了他的挑戰(zhàn)，并說自己會走著去盜取“藍(lán)色奇跡”，在正式盜取之前，基德先前往博物館查看地形，面對層層包圍的警察和直升機(jī)，他就這樣突然懸浮在空中出現(xiàn)在眾人面前，不但如此，他還在沒有任何設(shè)備的狀況下，泰然自若的在空中漫步。

警察雖然推斷巖夫是自殺，但柯南卻發(fā)現(xiàn)了眾多的疑點。而從尸體嘴里流血的事實，燈繩上可疑的繩結(jié)和小蘭的敘述中柯南最終推理出了犯人的犯罪手法。但是，就在柯南要揭露兇手的關(guān)鍵時刻卻因為感冒不能發(fā)聲了！沒有其他辦法，柯南通過不斷的比劃的猜謎來引導(dǎo)眾人來尋找兇手的線索，最終犯人的身份揭曉。而兇手也承認(rèn)因為妻子的遇害而殺死被害者的事實。