某天，小五郎收到一封請(qǐng)求信，一個(gè)叫中村操的人說(shuō)他搬進(jìn)繼承的別墅之后，就碰到很多詭異的事情，到達(dá)后，柯南發(fā)現(xiàn)這個(gè)別墅確實(shí)充滿謎團(tuán)，大門扶手缺少的雕像，別墅里隨處可見動(dòng)物時(shí)鐘，所有數(shù)字型時(shí)鐘相同的刮痕，在屋頂?shù)拈w樓里好像有人，跟十年前疾風(fēng)竊盜集團(tuán)有關(guān)的新聞資料，高爾球袋上的DEMON字樣，另外，還有從鴿子時(shí)鐘里出來(lái)的恐怖妖怪，解開這些謎團(tuán)的鑰匙在哪里呢？

在一個(gè)相撲類派對(duì)上小五郎接到了石本誠(chéng)二的委托，因?yàn)樗盏搅艘环獠幻鱽?lái)路的恐嚇信，威脅要將他殺害，當(dāng)會(huì)場(chǎng)燈光轉(zhuǎn)暗，來(lái)賓致詞時(shí)，高田議員經(jīng)過石本的后面，居然有一發(fā)從控制照明室射出的子彈略過石本的肩膀，直接貫穿了高田議員的胸部，混亂中，柯南發(fā)現(xiàn)一可疑男子，但第二天，這名男子平岡治郎卻陳尸在一棟廢棄大樓里，原來(lái)大家都被真正的歹徒玩弄股掌。

就在警方焦頭爛額的想暗號(hào)含義時(shí)，遠(yuǎn)在大阪的服部給出版社打來(lái)電話說(shuō)自己已經(jīng)破解暗號(hào)即就是「請(qǐng)快點(diǎn)救我」，但接下來(lái)的信息卻難以用同樣的方法讀取。柯南看著這些文字也無(wú)計(jì)可施，然而別人的對(duì)話卻突然點(diǎn)醒了他，他以另外一種方法解讀出作者的所在和目前的狀態(tài)后，便引導(dǎo)警方和小五郎發(fā)現(xiàn)了其中隱藏的信息，但當(dāng)大家趕到任太朗的所在地時(shí)，卻并沒有發(fā)現(xiàn)任何歹徒……

少年偵探團(tuán)一大早搭乘開往米花樂園的電車，當(dāng)柯南以為沒人和他們一樣時(shí)，就來(lái)了三個(gè)大學(xué)生也上了這趟電車，他們是鐵道研究社的，來(lái)這里是為了拍攝地上電車的照片，期間，川崎下車去前方拍攝行駛的電車，可就在電車急速向前時(shí)，他突然從梯子墜落到鐵軌上，幸虧司機(jī)及時(shí)剎車，他才得以保住一命，然而大家剛松了一口氣，卻發(fā)現(xiàn)堀井橫尸車廂……

柯南找來(lái)訂書機(jī)、剪刀和繩子后，就突然不見了蹤影，就在大家忙著找他時(shí)，一聲尖叫把所有人引到了再次被箭射穿窗戶的房間，繼而，柯南又不顧大家阻撓跑到樹林里，趁園子不注意的時(shí)候?qū)⑺樽恚杷谥笓]小蘭把兇手的殺人方法再現(xiàn)，將一切解釋清楚之后，就是揭穿兇手了，他就是……