柯南在朋友們?nèi)D書館做讀書報(bào)告時(shí)，警察突然來(lái)詢問圖書館職員玉田失蹤一事，館長(zhǎng)津川表示自己也不清楚，警察做了簡(jiǎn)單的搜尋后離開。但少年偵探團(tuán)留到夜晚做深入調(diào)查，期間館長(zhǎng)曾鬼鬼祟祟的來(lái)過一次，等他離開后，大家發(fā)現(xiàn)館長(zhǎng)在利用圖書館進(jìn)行販毒交易，當(dāng)他們找到被館長(zhǎng)殺害的玉田的尸體時(shí)，沒想到館長(zhǎng)也發(fā)現(xiàn)了他們，少年偵探團(tuán)能否順利脫險(xiǎn)？

園子邀請(qǐng)柯南和小蘭到家中別墅度假而富澤財(cái)閥的別墅也建在旁邊。當(dāng)晚別墅突然停電而向外看時(shí)，柯南眾人正好目擊到富澤的父親被殺害的現(xiàn)場(chǎng)，凌子看到兇手的樣子，犯人竟然是死者的兒子熊三！在警方逮捕熊三時(shí)發(fā)現(xiàn)剛剛到達(dá)的老大和老二和熊三面貌竟然一模一樣。但在柯南的調(diào)查下最終鎖定了犯人并已園子的身份揭露了犯人的身份。

清潔公司的董事藤井被樓上掉下的重物砸死，警察在尸體旁邊發(fā)現(xiàn)了一個(gè)沒有指紋的口風(fēng)琴，柯南認(rèn)為這并不是簡(jiǎn)單的意外事件而是謀殺，警察去清潔公司社長(zhǎng)中山的辦公室進(jìn)行調(diào)查時(shí)，這里的監(jiān)視器引起了柯南的興趣，在對(duì)監(jiān)視器進(jìn)行了簡(jiǎn)單的操作后和攝影內(nèi)容簡(jiǎn)單回查后，兇手浮出水面。

某日，一個(gè)自稱柯南媽媽的陌生女人來(lái)接他，柯南第一反應(yīng)就是她可能是黑衣組織的人，因?yàn)樗宄履霞业牡准?xì)以及他的真實(shí)身份，期間，柯南雖趁機(jī)逃脫，但去找阿笠博士的時(shí)再次候被抓，他聽到了那個(gè)女人和一個(gè)面具男討論交易藥物的事情，待他們離開后柯南按照那伙人留下了線索找到交易地點(diǎn)，可不幸的是他行跡暴露，面具人對(duì)他槍口相向……

麗花身上有被捆綁的痕跡，柯南在調(diào)查中扭開水龍頭的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)水居然是從蓮蓬頭流出，確定了兇手之后，接下來(lái)就是找證據(jù)，柯南麻醉小五郎，借助小五郎的聲音讓三船、五條、六田、一枝脫下外套，更加確定了自己的推測(cè)，在黑暗的別墅中，柯南指出兇手，而兇手的殺人動(dòng)機(jī)則源于兩年前。