為了紀(jì)念戰(zhàn)國(guó)武將信長(zhǎng)入主岐阜城450周年，偵探少年團(tuán)和阿笠博士來到岐阜市內(nèi)游玩。在光彥的提議下，眾人共同觀看了當(dāng)?shù)氐挠⑿坌惚硌荨１硌萁Y(jié)束后，光彥因想得到簽名而獨(dú)自返回觀看場(chǎng)所，然而他卻在尋找表演人員的過程中遭到綁架……與此同時(shí)，在博物館展出的信長(zhǎng)公像也一并失竊。光彥能否獲救？柯南眾人尋盡線索，希望迅速找出幕后黑手。

外出露營(yíng)的少年偵探團(tuán)為了避雨來到了一棟別墅，別墅內(nèi)的男傭人告訴大家最近房間內(nèi)有幽靈出現(xiàn)。在交談中，柯南等人得知?jiǎng)e墅的女主人不久前剛剛?cè)ナ溃兄魅藙t認(rèn)為幽靈是女主人回到了家中。關(guān)于出現(xiàn)幽靈一事，女傭人似乎顯得十分不適，而男主人的侄子似乎行跡也有些奇怪。柯南察覺到幽靈之事必有蹊蹺，決心與少年偵探團(tuán)一同查明真相。

不分晝夜騎著巨大摩托車四處游蕩的天城達(dá)也遇害，生前給周圍居民帶來不小困擾的他遭到了人們的冷漠對(duì)待，大家都很慶幸有人殺了他。應(yīng)當(dāng)擔(dān)任與天城達(dá)也溝通協(xié)商的居委會(huì)會(huì)長(zhǎng)番藤?gòu)┮凰涝诹俗约旱募抑校m然現(xiàn)場(chǎng)布置成了自殺的模樣，但柯南和小五郎還是看出了端倪，這一點(diǎn)被咖啡廳的老板金滿豐子證實(shí)，她提出昨晚番藤根本就不會(huì)與天城見面。

警察開始調(diào)查帳篷燃燒的原因，籃球社的成員都有不在場(chǎng)證明。柯南從段野的證詞那里發(fā)現(xiàn)了奇怪之處，黑田管理官也發(fā)覺了異樣，這不是一起意外自殺，而是故意殺人事件。柯南從大家做的橡子挑擔(dān)偶人得到了啟發(fā)，懷疑是有人做了一個(gè)自動(dòng)起火裝置故意暗殺了漆原史昭。

柯南所在的班里來了一位新老師名叫若狹留美，若狹老師想在體育課前用石灰畫線，卻發(fā)現(xiàn)石灰已經(jīng)用完了。柯南告訴若狹老師舊倉(cāng)庫(kù)里可能有石灰，元太和光彥開玩笑說舊倉(cāng)庫(kù)有幽靈出沒，若狹老師感到很害怕，便拜托少年偵探團(tuán)一同前往舊倉(cāng)庫(kù)。在尋找石灰的過程中，柯南發(fā)現(xiàn)一扇通往地下的門，眾人合力打開門后，卻驚人地發(fā)現(xiàn)了一具骸骨……