在一次絕地任務中發現了一柄光劍，它屬于很久之前死去的賽福-迪亞斯大師。這促使尤達、歐比旺和安納金開始調查這起發生于十年之前的消失事件。

五號仍在試圖找出有關克隆人士兵錘頭奇怪行為的真相。他希望能夠和最高議長單獨談談，卻隨即發現自己被指控試圖刺殺議長。

因為偽裝成賞金獵人雷科·哈丁，歐比旺·克諾比和犯罪大佬莫拉洛·伊瓦爾、凱德·貝恩一同流亡，但他們的關系如履薄冰，同時安納金和阿索卡也在不停尋找他。

分離主義部隊協助齊格里亞的奴隸販子控制了位于中立星球基羅斯上的一個托格魯塔移民區。安納金和阿索卡迅速地拆除了一系列的炸彈，同時歐比旺前去和齊格里亞領導人德納爾談判。

為了找出克隆人士兵錘頭突然殺害絕地大師的動機，他被送到卡米諾的無菌實驗室接受醫療檢查。為了檢查能夠成功，士兵五號必須深入到錘頭的內心深處。